Une différence significative entre les viroïdes et le HDV est le fait que, alors que les viroïdes ne produisent pas de protéines, le HDV produit deux protéines appelées le petit et le grand antigène delta (HDAg-S et HDAg-L, respectivement). Ces deux protéines sont produites à partir de l’ouverture et de la lecture d'une seule matrice. Ils sont identiques pour 195 acides aminés et ne diffèrent que par la présence de 19 acides aminés supplémentaires, à l’extrémité C du HDAg-L. Bien qu'elles aient 90% de leurs séquences identiques, ces deux protéines jouent des rôles différents au cours d'une infection. Le HDAg-S est produit dans les premiers stades de l’infection et il est indispensable à la réplication virale. HDAg-L, en revanche, est produit pendant les dernières étapes de l’infection, il agit comme un inhibiteur de la réplication virale, et il est indispensable pour l'assemblage des particules virales.