L'île est presque entièrement recouverte d'une lande de fougères et d'ajoncs qui se fait rase du côté de la pleine mer. Les dunes de la plage de l'est sont un milieu fragile protégé par le conservatoire du littoral : on y trouve une espèce endémique sauvage de lys des dunes, très menacée. On trouve aussi des chardons, de l'ail sauvage, des rosiers sauvages nains, etc. En dehors du village, il n'y a qu'une trentaine d'arbres sur Houat.
La faune terrestre est essentiellement constituée, outre les insectes, de faisans et perdrix d'élevage, nourris au sarrasin local, et de lapins qui prolifèrent malgré la chasse qu'on leur donne. Quelques chevaux ont refait leur apparition dernièrement pour le tourisme.
Les espèces sauvages marines sont plus nombreuses que les espèces terrestres. On trouve des colonies de moules et d'huîtres sauvages, des tourteaux, des étrilles et des araignées de mer, du homard, des congres dans les rochers…