C'est une formation très ancienne, dont les rebords culminent à plus de 3 000 m au-dessus du niveau de référence martien, avec un anneau central moitié moins large et des reliefs adoucis — signe probable de sédimentation lacustre — dont les points les plus bas se situent à plus de 1 000 m au-dessus du niveau de référence, excepté au fond de petits cratères plus récents et aux reliefs très creux.
Les rebords du cratère Huygnes présentent des signes d'érosion fluviatile indéniables, avec notamment une série de vallées, appelées Liris Valles au nord-est du cratère, qui indiquent d'un lac a peut-être existé jadis au Noachien — voire jusqu'à l'Hespérien — au sein de cette structure.