Science ouverte: une base de données internationale pour mutualiser l'imagerie cérébrale de primates
Publié par Adrien le 22/10/2018 à 08:00
Source: CNRS
Ouvrir à toute la communauté scientifique les données d'imagerie cérébrale de primates obtenues dans les laboratoires: c'est l'objectif de la base de données PRIME-DE (1), créée par un consortium international de 22 équipes travaillant avec des macaques, dont six équipes du CNRS (Le Centre national de la recherche scientifique, plus connu sous son sigle CNRS, est le plus grand organisme de recherche scientifique public français (EPST).), de l'Inserm et du CEA. En raison d'une organisation (Une organisation est) cérébrale très proche de la nôtre, le macaque (Le mot macaque vient du portugais macaco, qui signifie « singe », ce mot provenant lui-même d'un mot bantou à l'époque de la colonisation de la côte africaine par les portugais.) reste un modèle essentiel pour l'étude du fonctionnement du cerveau (Le cerveau est le principal organe du système nerveux central des animaux. Le cerveau traite les informations en provenance des sens, contrôle...) humain et de ses pathologies. Cette initiative, décrite dans la revue Neuron le 27 septembre 2018, permettra d'augmenter la pertinence statistique (Une statistique est, au premier abord, un nombre calculé à propos d'un échantillon. D'une façon générale, c'est le résultat de l'application d'une méthode...) des résultats obtenus et de diminuer le nombre (La notion de nombre en linguistique est traitée à l’article « Nombre grammatical ».) d'animaux utilisés.


© ISC / CNRS

L'imagerie (L’imagerie consiste d'abord en la fabrication et le commerce des images physiques qui représentent des êtres ou des choses. La fabrication se faisait jadis soit à la main, soit...) par résonance (Lorsqu'on abandonne un système stable préalablement écarté de sa position d'équilibre, il y retourne, généralement à travers des oscillations propres. Celles-ci se...) magnétique (IRM) s'est imposée comme un outil (Un outil est un objet finalisé utilisé par un être vivant dans le but d'augmenter son efficacité naturelle dans l'action. Cette augmentation se traduit par la simplification...) de choix pour l'étude du cerveau. Cette technique non invasive permet d'analyser avec une très bonne précision l'organisation des structures cérébrales, leur fonctionnement (par la mesure du débit (Un débit permet de mesurer le flux d'une quantité relative à une unité de temps au travers d'une surface quelconque.) sanguin en IRM fonctionnelle) et même de caractériser les réseaux de neurones qui relient des régions cérébrales distantes.

La recherche (La recherche scientifique désigne en premier lieu l’ensemble des actions entreprises en vue de produire et de développer les connaissances scientifiques. Par...) sur les primates (Les primates (du latin primas, atis signifiant « celui qui occupe la première place ») constituent un ordre au sein des...) non humains reste un chaînon fondamental pour l'avancement des connaissances en neurosciences (Les neurosciences correspondent à l'ensemble de toutes les disciplines biologiques et médicales qui étudient tous les aspects, tant normaux que pathologiques, des neurones et du système nerveux.) et le développement de nouvelles thérapies, car l'organisation et le fonctionnement de leur cerveau sont très proches des nôtres et certaines explorations restent actuellement impossibles in vitro (In vitro (en latin : « dans le verre ») signifie un test en tube, ou, plus généralement, en dehors de l'organisme vivant ou de la cellule. Un...) ou chez l'humain. D'autre part, les données (Dans les technologies de l'information (TI), une donnée est une description élémentaire, souvent codée, d'une chose, d'une transaction d'affaire, d'un événement, etc.) obtenues par IRM chez ces animaux peuvent être de meilleure qualité que chez l'humain, où l'utilisation d'agents de contraste est limitée au contexte (Le contexte d'un évènement inclut les circonstances et conditions qui l'entourent; le contexte d'un mot, d'une phrase ou d'un texte inclut les mots qui l'entourent. Le concept de contexte issu traditionnellement de l'analyse...) médical.

Si les avancées technologiques et méthodologiques en imagerie cérébrale sont extrêmement rapides, les centres de recherche travaillant avec des primates non humains - principalement des macaques - peinent à se doter de cohortes assez grandes pour suivre ces avancées techniques. Dans ce contexte, 22 équipes de recherche de sept pays (Pays vient du latin pagus qui désignait une subdivision territoriale et tribale d'étendue restreinte (de l'ordre de quelques centaines de km²),...) se sont rassemblées afin de partager, de manière ouverte et libre de droit, les données d'imagerie produites dans leurs laboratoires. Parmi elles, six équipes du CNRS, de l'Inserm et du CEA. Dans sa version initiale, la base de données (En informatique, une base de données (Abr. : « BD » ou « BDD ») est un lot d'informations...) PRIME-DE, première du genre, rassemble 25 collections indépendantes de données d'IRM, obtenues sur 217 macaques au total ( Total est la qualité de ce qui est complet, sans exception. D'un point de vue comptable, un total est le résultat d'une addition, c'est-à-dire une somme....). Amenées à s'enrichir avec le temps (Le temps est un concept développé par l'être humain pour appréhender le changement dans le monde.), ces données sont ouvertes à toute équipe de recherche souhaitant les analyser.

La mise en place de cette base de données permettra également d'harmoniser les méthodes utilisées par les différents laboratoires et de mutualiser les efforts. En limitant le nombre d'animaux utilisés tout (Le tout compris comme ensemble de ce qui existe est souvent interprété comme le monde ou l'univers.) en améliorant la qualité des procédures expérimentales, cette initiative est en parfaite adéquation avec la démarche éthique de la règle des "3R" qui consiste à remplacer les animaux par d'autres méthodes lorsque cela est possible, à réduire le nombre d'animaux nécessaires aux expérimentations et à améliorer les procédures (refine, en anglais) (2). Ainsi, par exemple, la disponibilité (La disponibilité d'un équipement ou d'un système est une mesure de performance qu'on obtient en divisant la durée durant laquelle ledit équipement ou système est...) d'une banque de données d'IRM fonctionnelle (En mathématiques, le terme fonctionnelle se réfère à certaines fonctions. Initialement, le terme désignait les fonctions qui en prennent d'autres en argument....) de repos (resting-state fMRI) permet à certaines équipes d'exploiter les données sans nouvelle expérimentation (L'expérimentation est une méthode scientifique qui consiste à tester par des expériences répétées la validité d'une hypothèse et à obtenir des données quantitatives permettant de l'affiner. Elle est pratiquée par un ou des...) menée chez l'animal (Un animal (du latin animus, esprit, ou principe vital) est, selon la classification classique, un être vivant hétérotrophe, c’est-à-dire qu’il se nourrit de substances organiques....).

Consulter la base de données: http://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/indiPRIME.html
Page générée en 0.398 seconde(s) - site hébergé chez Amen
Ce site fait l'objet d'une déclaration à la CNIL sous le numéro de dossier 1037632
Ce site est édité par Techno-Science.net - A propos - Informations légales
Partenaire: HD-Numérique