Au moment de la fondation de Morimond, des pourparlers semblent être en cours pour une nouvelle fondation qui serait située sur les terres d'Hugues de Troyes, comte de Champagne, dans le diocèse de Langres.
C'est ainsi que l'abbaye de Clairvaux (clara vallis) a été fondée en juin 1115 par le moine cistercien Bernard de Clairvaux qui a été sanctifié quelques années après son décès. Le terrain dédié à l'implantation de l'abbaye fut choisi avec précaution dans une clairière isolée, le Val d'Absinthe : il fallait de l'eau et du bois. Ce terrain offert par un proche parent de Bernard comprenait ces éléments essentiels à l'organisation d'une abbaye cistercienne. En effet, les cisterciens se doivent de respecter la règle de Saint Benoît qui stipule la vie en autarcie et le respect du vœu de stabilité (enfermement).
De fait, l'architecture cistercienne tant à Clairvaux, qu'à Fontenay par exemple, répond à ces nécessités. Il y a des bâtiments de vie (bâtiments des moines et des convers), des communs (moulins, cuisines, etc.) et l'abbatiale dédiée à la prière. Les bâtiments se regroupaient autour du cloître. L'abbaye de Clairvaux était ainsi organisée d'après les sources écrites et autres vues cavalières et cela jusqu'au XVIII siècle.
En 1708 l'abbaye est reconstruite, le bâtiment des convers est cependant conservé car il était devenu une grange entre temps. Ce bâtiment des convers date du XII siècle et il est caractéristique de l'architecture cistercienne : le premier niveau comprenait un cellier et un réfectoire parfaitement identifiable de nos jours, le deuxième niveau était occupé par le dortoir. L'ensemble respecte parfaitement la notion de l'art cistercien définie par Saint Bernard : la sobriété par opposition à ce qui se pratiquait alors à Cluny. Ce bâtiment des convers fait aujourd'hui environ 70 mètres de long sur 15 de large et comprend trois nefs de douze travées. Il fait l'objet d'un classement au titre des monuments historiques depuis le 26 octobre 1981. et appartient au ministère de la culture depuis 2003. Des restaurations sont en cours.
Pour les autres bâtiments visibles au grand public nous pouvons mentionner : le grand cloître d'architecture classique, bâtiment dédié aux moines du XVIII siècle. Il appartient également au ministère de la culture.
L'ensemble de l'abbaye fut fait bien national en 1792. Des industriels achetèrent le site pour y installer leurs ateliers (une verrerie fut ainsi installée dans l'abbatiale). Ces industriels firent banqueroute et le site racheté par l'État pour en faire une prison en 1808.