Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Acanthopterygii (Acanthoptérygiens), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Acanthopterygii ├─o Beryciformes └─o ├─o Ophidiiformes └─o ├─o Batrachoidiformes ├─o │ ├─o Apogonidae │ └─o Gobioidei └─o ├─o │ ├─o │ │ ├─o Stromateidae │ │ └─o │ │ ├─o Trichiuridae │ │ └─o Scombridae │ └─o │ ├─o Aulostomoidei │ └─o │ ├─o Dactylopteroidei │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Mullidae │ │ └─o Callionymoidei │ └─o Syngnathidae └─o ├─o │ ├─o Mugilidae │ ├─o │ │ ├─o Embiotocidae │ │ ├─o Pomacentridae │ │ └─o Cichlidae │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Gobiesocoidei │ │ └─o Blennioidei │ └─o Atherinomorpha │ ├─o Atheriniformes │ └─o Cyprinodontea │ ├─o Beloniformes │ └─o Cyprinodontiformes └─o ├─o │ ├─o │ │ ├─o Indostomidae │ │ └─o Synbranchiformes │ └─o │ ├─o Channoidei │ └─o Anabantoidei ├─o │ ├─o Sphyraenidae │ ├─o Xiphiidae │ ├─o │ │ ├─o Carangidae │ │ └─o │ │ ├─o Echeneidae │ │ └─o Coryphaenidae │ └─o │ ├─o Latidae │ └─o Pleuronectiformes └─o ├─o │ ├─o │ │ ├─o Odacidae │ │ └─o Labridae │ └─o Scaridae ├─o │ ├─o Ammodytidae │ └─o Uranoscopidae ├─o │ ├─o Centrarchidae │ └─o Elassomatidae ├─o │ ├─o Percidae │ ├─o Notothenioidei │ ├─o Trachinidae │ ├─o Serranidae │ ├─o Scorpaenidae │ └─o │ ├─o Triglidae │ └─o │ ├─o Cottoidei │ └─o │ ├─o Gasterosteoidei │ └─o Zoarcoidei └─o ├─o │ ├─o Pomacanthidae │ └─o Acanthuridae └─o ├─o │ ├─o Caproidae │ └─o Sparidae └─o ├─o Lophiiformes └─o Tetraodontiformes
 Napoléon (Cheilinus undulatus, Labridae) |  Poisson perroquet (Cetoscarus bicolor, Scaridae) |  Chirurgien (Ctenochaetus hawaiiensis, Acanthuridae), à Hawaii |  Selene vomer (Carangidae) |
 Astronotus ocellatus (Cichlidae) |  Symphysodon aequifasciatus (Cichlidae) |  Grand mérou (Epinephelus lanceolatus, Serranidae) |  Salarias fasciatus (Blenniidae) |
 Acanthurus tennenti (Acanthuridae) |  Chaetodon trifasciatus (Chaetodontidae) |  Upeneichthys lineatus (Mullidae) |  Barracuda (Sphyraena forsteri, Sphyraenidae) |
 Pholis laeta (Pholidae) |  Periophthalmus sp. (Gobiidae) |  Partnergrundel Amblyeleortis guttata (Gobiidae) |
 Cryptocentrus cinctus (Gobiidae) |  Espadon (Xiphias gladius, Xiphiidae |
Les analyses moléculaires les plus récentes ont confirmé non seulement la forte polyphylie des Perciformes, mais aussi la nécessité de recomposer l'ensemble des Acantomorphes, et notamment des Acanthoptérygiens. Plusieurs ordres ont ainsi disparu, des groupements nouveaux apparaissent. De nombreuses familles de Perciformes attendent encore leur placement.
Nous avons suivi ici, pour les niveaux supérieurs de la classification, la synthèse de Lecointre et al. 2010.