L'aéroport a ouvert le 2 septembre 1998. Il remplace l'ancien aéroport d'Angers-Avrillé qui datait de 1908. Celui-ci, encerclé par la ville et trop petit, ne permettait plus le développement des activités aériennes dans l'agglomération.
Les premières années, Air France (ligne opérée par Régional (compagnie aérienne européenne)) opéra une liaison bi-quotidienne vers la hub de Clermont-Ferrand. L'aéroport auvergnat offrait des correspondances rapides vers près de vingt destinations françaises et européennes. Cependant, la liaison ne remporta pas assez de succès et fut définitivement suspendue.
Peu après, Airlinair ouvrit une nouvelle liaison bi-quotidienne, Angers-Lyon en ATR 42, puis devant le faible taux de remplissage des appareils la ligne fut reconvertie en Angers-Tours-Lyon avant d'être elle aussi abandonnée, fin 2005.
Dès la fin de cette ligne, deux compagnies projettent d'ouvrir des lignes au départ d'Angers: Flybe(britannique) et Aer Arann (irlandaise). La première ouvre en mai une liaison vers Southampton, dans le sud de l'Angleterre. La seconde envisage d'ouvrir Londres, Manchester et Cork durant le printemps. En raison de réservations trop peu nombreuses, elle abandonne rapidement son projet pour Londres.
En mai 2006 ont lieu les deux vols inauguraux depuis Cork et Manchester. Ce seront les premiers et derniers car l'aviation civile irlandaise exige une couverture radar intégrale, ce que n'offre pas l'aéroport angevin. En conséquence, Aer Arann dut déporter ses vols vers l'Aéroport Nantes Atlantique.
La compagnie britannique FlyBE a opéré trois vols hebdomadaires depuis/vers Southampton en 2006/2007 mais ce service fut interrompu en hiver 2007 malgré le succès rencontré. Ce service a été repris immédiatement par Eastern Airways.