L'aéroport a été inauguré le 22 août 1955 et ouvert officiellement au trafic le 29 août 1955. La compagnie aérienne Aviaco fut la première a y exploiter des vols, à partir du 2 septembre 1955. La piste mesurait 1 200 mètres et était orientée 05/23. Cette orientation contraint les avions à survoler le territoire français, ce qui n'a pas manqué de faire protester immédiatement le gouvernement français.
En juillet 1957, la rencontre entre deux délégations espagnole et française permit de trouver un accord de limitation de l'exploitation de l'aéroport. Cet accord entra en vigueur en 1959 et l'aviation de loisirs a été interdite.
En juillet 1961, la piste fut allongée à 1 500 mètres.
Entre 1964 et 1965, le parking pour avions a été agrandi, la tour de contrôle a été construite et l'aéroport prit officiellement son nom actuel. En 1967 ont commencé les travaux pour le terminal, inauguré en 1968. En décembre 1969, l'aéroport a été fermé pour allonger la piste à sa longueur actuelle de 1 754 mètres.
Le 18 mars 1992, l'Espagne et la France ont signé un nouvel accord, supprimant l'interdiction des avions à réaction et limitant le nombre quotidien de mouvements, en dehors des heures de nuit, à 12 MD-88 et 12 BAE-146.
