Le premier aéroport de Lima était l'aéroport de Limatambo, situé à San Isidro, qui a cessé son activité en 1960 en raison de l'impossibilité de s'étendre et d'accroître sa capacité d'exploitation. La même année, l'aéroport de Lima-Callao, aujourd'hui connu sous le nom d'Aéroport International Jorge Chávez, fut inauguré.
C'est en juin 1965 que l'aéroport fut rebaptisé de son nom actuel, en hommage à l'aviateur franco-péruvien Jorge Chávez Dartnell qui fut le premier à traverser les Alpes avec un monoplan en 1910. C'est en décembre de la même année que fut inauguré le terminal passagers.
Il fut considéré en son temps comme l'un des aéroports les plus modernes d'Amérique latine en raison de l'architecture d'avant-garde du terminal passagers. L'aéroport n'a pas vu d'importants changements dans son infrastructure au cours des 35 années suivantes, hormis quelques rénovations isolées et projets d'expansion dans les différentes parties de l'aérogare.
Par décision du gouvernement du Pérou, l'aéroport Jorge Chavez a été concessionné en 2001 à la société Lima Airport Partners (LAP), un consortium germano-américain, en vue d'entreprendre son extension. Aujourd'hui, en 2009, le capital-actions de LAP est contrôlé par trois prestigieuses institutions internationales: Fraport AG, avec 70,01% du capital, la Société financière internationale (membre du groupe de la Banque mondiale), avec 19,99% et l'investissement Infrastructure, services publics et des ressources naturelles, gérées par AC Capitales SAFI SA avec les 10% restants
Fraport AG est une société allemande de renommée qui gère plusieurs aéroports dans les grandes villes du monde entier y compris ceux de Francfort (Allemagne) New Delhi (Inde), Le Caire (Egypte), Riyadh (Arabie Saoudite)
L'aéroport a reçu le titre de "meilleur aéroport d'Amérique du Sud" par Skytrax (World Airports Awards 2005), et il a obtenu la deuxième place lors de l'étude conduite en 2008.
Plus d'une vingtaine de compagnies aériennes opèrent actuellement à Lima.
