L'origine météoritique de ce cratère a été reconnue en 1968 par la Commission Géologique du Canada après les investigations menées depuis 1966 par Jehan Rondot, alors géologue au Ministère des Ressources naturelles et de la Faune du Québec. Après son investigation menée en 1966, Rondot montre des échantillons de roches présentant des cônes de percussion (shatter cones) à J. Murtaugh, un collègue américain de l'Université de l'État de l'Ohio, qui conclut à une origine impactite. Il ne restait à Rondot qu'à compléter ses investigations pour évaluer la taille du cratère, ce qu'il fait entre 1967 et 1968.
Bien que la structure circulaire du cratère dans le relief soit bien visible sur les cartes topographiques et les photographies aériennes, l'origine météoritique du cratère n'a été confirmée que lors de la découvertes de cônes de percussion par Jehan Rondot en 1966. Le cratère de Charlevoix est le premier dont l'origine météoritique a été confirmée grâce à la découverte de cônes de percussion.