Dès 1895, le B&AR commença par transporter des pommes de terres dans des wagons équipés de chauffage. Les pommes de terre apportèrent des recettes stables durant la grande dépression, et apportèrent jusqu'à 50% des revenus de la compagnie durant la seconde guerre mondiale. Dans les années 1950, le B&AR possédait la seconde plus grande flotte de wagons réfrigérés (reefers) des États-Unis après le Santa Fe. Le B&AR avait conclu un arrangement avec la Pacific Fruit Express (PFE), dans lequel les reefers du PFE acheminaient les pommes de terre du Maine durant les mois d'hiver, tandis que ceux du B&AR transportaient les productions californiennes durant l'été et l'automne. Mais dans les années 1960, avec l'achèvement du réseau autoroutier dans le nord du Maine, les camions commencèrent à transporter les pommes de terre. A partir de 1900, l'importation de produits chimiques et l'exportation de papiers produits par les papèteries de Millonocket et d'East Millinocket sur le fleuve Penobscot, constituèrent une importante source de revenus. Une autre papèterie fut construite à Madawaska en 1925. Tandis que le transport de grumes et de fragments de bois vers les papèteries augmentaient, celui des pommes de terre déclinait. L'isolement du port de Searsport fut mis à profit lors de la seconde guerre mondiale pour embarquer les munitions; et lors de la guerre froide, le B&AR acheminait du charbon de chauffage et du fuel aéronautique à Loring AFB pour les bombardiers de défense stratégique aérienne. Durant les années 1950, les 2500 wagons fourgons (box cars) du B&AR furent peints en rouge, blanc et bleu, couleurs du drapeau américain; ceci fut à nouveau le cas, lors de la guerre du Vietnam.