Lors de sa fondation, la XVI légion, fut baptisée Lunar Wolves. Sa fondation est assez différente des autres Légions. En raison de la relative proximité de la planète Cthonia, ses premières recrues furent directement issues de cette planète. Les modifications génétiques et le psycho-conditionnement de ces guerriers fut effectué dans les géno-laboratoires de Luna. C'est pourquoi la Légion prit le nom de Lunar Wolves. Elle combattit tout d'abord aux côtés de l'Empereur lors des guerres d'unification de Terra, bien avant le début de la Grande Croisade et la redécouverte des Primarques.
Parallèlement à la réalisation des Space Marines, l'Empereur réalisait le Projet Primarque. Mais lors d'un incident dans ses laboratoires secrets dans l'Himalaya, des énergies Warp du Chaos dispersèrent les vingt différents primarques sur des planètes inconnues alors qu'ils étaient encore dans leurs incubateurs. La Grande Croisade fut à la fois prétexte à la conquête de la Galaxie et à la redécouverte des Primarques.
Horus fut le premier d'entre-eux à être retrouvé, sur Cthonia elle-même. L'Empereur le découvrit encore jeune, et l'éduqua lui-même pendant de nombreuses années avant qu'il ne lui confie la Légion des Lunar Wolves, avec qui il partageait son patrimoine génétique . La Légion comptait alors 10,000 Space Marines. Les futures recrues de la légion étaient toujours repérés parmi les membres des gangs urbains de Cthonia.
Horus combattit près de 30 ans aux côtés de l'Empereur. Les différents primarques furent retrouvés et prirent le contrôle de leurs Légions respectives. Après la triomphale campagne contre les mondes Orks du système d'Ullanor, l'Empereur annonça quitter la Croisade, et nomma Horus le Maître de Guerre désigné pour commander son entreprise a sa place. L'Empereur proposa même à Horus de rebaptiser la XVI légion "Sons of Horus" en son honneur .