Les premiers habitants de Saint-Kilda sont arrivés au cours de la Préhistoire, aux alentours de 3 000 à 2 000 ans av. J.-C..
Boreray n'a jamais été habitée en permanence mais seulement temporairement pour la chasse aux oiseaux de mer et la récolte de leurs œufs par les îliens vivant sur Hirta, l'île la plus grande de Saint-Kilda. Ces activités sur les falaises entraînent parfois des morts mais les habitants ayant acquis une grande agilité dans cette activité, les accidents sont relativement peu nombreux au regard des risques pris. Jusqu'au XIX siècle, ces denrées collectées sur les falaises leur permettent de payer en nature leur loyer au propriétaire terrien et de les échanger avec des denrées venant du reste de l'Écosse. Lors des dernières années d'habitation permanente dans l'archipel (années 1900, 1910 et 1920), les œufs et autres objets ornithologiques sont vendus en tant que souvenirs aux touristes qui viennent à Saint-Kilda.
En 1931, profitant du départ récent des derniers habitants de l'archipel dont les conditions de vie deviennent de plus en plus dures, le comte de Dumfries, qui a acquis l'archipel l'année précédente, décide de le transformer en sanctuaire pour la faune et la flore sauvage et de le léguer au National Trust for Scotland qui en obtient la gestion en 1957. Boreray, qui fait partie de l'archipel, subit le même sort. Ce classement en tant que réserve naturelle sera complété en 1986 avec l'inscription de l'archipel au patrimoine mondial de l'Unesco pour sa faune, notamment ornithologique, ses paysages et son passé. La difficulté d'accès aux falaises, la dangerosité des escalades, l'absence de secours dans l'archipel et les perturbations provoquées par les grimpeurs sur les nichées des oiseaux ont contraint le National Trust for Scotland et le Scottish Natural Heritage à interdire l'escalade des falaises y compris celles de Boreray sauf autorisation de leur part.
