Il s'agit ici des Chlorophytes au sens strict, c'est-à-dire ne comportant pas les algues charophytes, phylogénétiquement plus proches des Embryophytes. Le cladogramme présenté ici suit, pour les niveaux supérieurs, l'article de Lewis et McCourt (2004) cité en bas de page. Les Prasinophycées sont paraphylétiques : elles comportaient les groupes qui figurent à la base de l'arbre, des Pédinophycées aux Chlorodendrales, plus les Mésostigmatophycées sans doute plus proches des Charophytes.
En attendant mieux, la liste des ordres et familles du « groupe chlorophyte » (les Ulvophyta de Lecointre et Le Guyader) est classique et indicative, les taxons des Chlorophycées, notamment, devant être largement paraphylétiques.
Quelques questions à évoquer :
- la place des Mésostigmatophycées, anciennement partie des Prasinophycées, soit à la base des Charophytes (= Streptophytes), soit comme groupe-frère de toutes les autres Viridiplantae ;
- le détail de la phylogénie des anciennes Prasinophycées, et notamment la place des Pédinophycées (à la base des Chlorophytes, selon arbre ci-dessus, ou groupe-frère des Mamiellales, ou ...), et, en leur sein ou pas, des Scourfieldiales ;
- le détail de la phylogénie du « groupe chlorophyte » (les trois classes « supérieures »), jusqu'au niveau des genres et espèces, parfois éclatés entre plusieurs familles au vu des analyses moléculaires (notamment chez les Chlorophycées) ;