Position systématique classique
Les Chlorophytes , au sens large, constituent l'un des 14 embranchements (ou divisions) du règne végétal (Plantae), parfois plutôt classé dans un règne des Algues (Algae) qui comprend aussi par ailleurs des protistes dont il ne sera pas question ici (⇒ voir article Algue).
Position phylogénétique
Elles sont divisées en deux groupes : d'une part les Chlorophyta stricto sensu, qui constituent au sein des plantes vertes un groupe monophylétique, et d'autres part les Charophyta, groupe paraphylétique situé à la base de l'autre branche, les Streptophyta, comportant également les plantes terrestres.
Classification du groupe
- la classe des Chlorophycées (Chlorophyceae) ;
- la classe des Ulvophycées (Ulvophyceae) ;
- la classe des Pleurastrophycées, devenues récemment Trébouxiophycées (Trebouxiophyceae) ;
Ces trois classes forment vraisemblablement un groupe monophylétique, parfois nommé chlorophyte clade (Lewis et McCourt) ou ulvophytes (dans Lecointre et Le Guyader), quoique ce dernier terme désigne couramment les seules Ulvophycées.
- la classe des Prasinophycées (Prasinophyceae), aujourd'hui regardée comme le grade primitif, paraphylétique, des Chlorophytes ;
- la classe des Pédinophycées (Pedinophyceae) récemment séparée de la précédente ;
- la classe des Charophycées (Charophyceae), phylogénétiquement plus proche des Embryophytes que des autres Algues vertes (⇒ voir article Streptophyta), et elle aussi paraphylétique.