On n'emploie pas le mot de collège au XIII siècle ; ce mot n’a été employé que tardivement. On parle plutôt de maison ou aussi « d’hostel ». L’apparition des collèges à Paris est antérieure à celle de l’université, ils apparaissent dès la fin du XII siècle.
Ce mouvement de fondations est dû principalement à l’initiative de riches bienfaiteurs. La préoccupation des fondateurs de ces collèges s’enracine dans la volonté d’assurer l’existence matérielle des étudiants pauvres et de leur permettre de faire leurs études en leur garantissant un hébergement et une bourse. Les petits collèges répondent à un besoin social, mais ils n’ont pas laissé une documentation importante, on en a que des traces limitées. Un des plus anciens a été créé à Angers au tout début du XII siècle en 1116. Ce collège était destiné à 13 écoliers de la ville.
Les premières fondations se font à Paris. Le plus ancien collège est celui des Dix-Huit fondé en 1180 (voir : collège des Dix-Huit). Il a été fondé à l’initiative d’un marchand anglais, Josse de Londres qui lors de son retour de Jérusalem achète un local près des écoles de Notre-Dame où il décide de loger 18 étudiants et fait une donation à cette fin.
Sur ce modèle, d’autres riches bienfaiteurs vont fonder à Paris des collèges, dont le comte de Dreux en 1186 qui fonde le collège Saint-Thomas ou bien encore des ecclésiastiques comme Robert d'Harcourt, archidiacre de Rouen qui fonde le collège d’Harcourt (voir : Collège d'Harcourt) en 1280 pour des étudiants normands (24 au total) c’est-à-dire originaires de son pays natal. De la même manière, le cardinal de Cholet fonde lui-même le collège de Cholet (voir : Collège des Cholets) destiné aux boursiers d’Amiens et de Roubaix.
Apparaissent également à Paris, dans la première moitié du XIII siècle, des collèges réguliers. Parmi ces collèges apparaissent les fondations des Mendiants. Des couvents-collèges (studia) sont fondés très tôt dès 1215-1219 à Paris. Ces établissements hébergent les Frères et disposent d’écoles. D’autres ordres religieux s’occupent de fonder des collèges : on peut citer le collège Saint-Bernard pour l’Ordre cistercien ou le collège de Cluny fondé en 1260.
Le cas particulier de la fondation de Robert de Sorbon : si certains collèges ne sont que de simples fondations destinées à loger quelques étudiants pauvres, d’autres ont des préoccupations plus larges qui sont à la fois religieuses et intellectuelles. C’est le cas pour la fondation de Robert de Sorbon. Cette fondation est difficile à dater, se situant entre 1255 et 1258. Robert de Sorbon, chapelain de Louis IX, réserve son collège à des séculiers destinés à une vingtaine d’étudiants en théologie soumis à une discipline bien définie. Les statuts de 1270 imposent les repas en commun, une assistance journalière aux offices et une règle de vie austère. Robert de Sorbon est incontestablement animé par un souci pédagogique qui l’emporte sur le souci charitable. Il s’agit d’offrir des conditions d’étude satisfaisantes. Le collège n’est pas cependant un lieu d’enseignement. Les boursiers reçoivent un enseignement donné dans le cadre de l’université. Très vite, Robert de Sorbon se préoccupe de bien doter la bibliothèque de son collège pour offrir de bonnes conditions d’étude aux boursiers.
Les étudiants étrangers à Paris ont leur propre collège, ce sont par exemple le collège de Danemark au XIII siècle, celui de Suède au XIII siècle toujours et le mouvement se poursuit au XIV siècle. Ailleurs en France, il n’y a que peu de collèges qui sont fondés car il n’y a encore que peu d’universités au XIII siècle. Les deux premiers en France méridionale sont Toulouse et Montpellier.
Concernant l'Angleterre, dès l’origine, ils sont réservés aux étudiants des facultés supérieures soumis aux études les plus longues et les plus coûteuses. Leur fondation est plus tardive qu’en France, le premier collège apparaît en 1264, il s’agit de Merton College. On a entre les deux pays un décalage chronologique assez sensible. À Cambridge, le premier collège est fondé en 1284 par l’évêque d’Ely. À Oxford entre les XIII ‑ XV siècles, 9 des 10 collèges ont été fondés par des ecclésiastiques et tous se trouvent sous autorité ecclésiastique. À Cambridge, les fondations sont le fait de fondateurs laïcs. L’autorité extérieure est celle du chancelier de l’université. Ce sont des institutions autonomes dirigées par l’assemblée des boursiers. Ces derniers vont se coopter eux-mêmes, même s'il était prévu que ce soit une autorité extérieure qui les désigne. Les boursiers participent activement à la vie du collège. À la fin du XIII siècle, on a encore un réseau de collèges à peine esquissé. Aucun des collèges séculiers n’abrite d’enseignement, ils n’abritent qu’une petite minorité d’étudiants. Ces communautés de boursiers reçoivent l’enseignement à l’université.