Les cormorans noirs pêchent en groupe ; on a même avancé que ce comportement pourrait être de type coopératif, le rassemblement et l'encerclement des bancs de poissons étant susceptible d'améliorer l'efficacité de la prédation. Ainsi, des concentrations de plusieurs centaines d'oiseaux sont parfois observées, le maximum étant de 1 150 individus. Les seules données sur le sujet font état de plongées peu profondes et de durée limitée : pour des profondeurs supérieures à 2 m, la durée moyenne était de 19,3 s.
Comme tous les cormorans, l'espèce est essentiellement piscivore : les poissons peuvent représenter 100 % de ses proies, mais il consomme également, quoique dans un moindre mesure, des crustacés dont l’écrevisse de Murray. Concernant son alimentation, le Cormoran noir est en fait opportuniste, passant des eaux douces à la mer, exploitant dans l'un et l'autre milieu des habitats diversifiés. Sa plasticité comportementale est illustrée par le fait que dans certains cas, ses principales proies sont des espèces exotiques introduites plus ou moins récemment : en Australie, la perche commune et le poisson rouge. Il est également susceptible de provoquer des dégâts sévères dans les installations piscicoles : en compagnie de grands cormorans et de cormorans variés, des cormorans noirs ont été responsables d'une mortalité de plus de 95 % des alevins et des juvéniles dans plusieurs bassins d'élevage de perches argentées.
La principale contrainte pesant sur la capacité du Cormoran noir à s'alimenter est, comme pour de nombreuses espèces d'oiseaux d'eau australiens, la sécheresse : 70 % de la surface de l'arrière-pays australien sont occupés par des espaces arides et semi-arides, dont les milliers de zones humides (courantes et stagnantes) sont susceptibles de s'assécher périodiquement du fait de l'irrégularité des précipitations. La stratégie des espèces soumises à de tels aléas, dont au premier chef le Cormoran noir, consiste à se déplacer sans cesse à toutes échelles géographiques, souvent sur de grandes distances, un comportement qualifié d'erratique, voire « nomade ».