Après la disparition en 1970 de deux députés du Congrès américain en Alaska lors d'un accident d'avion, une loi fut adoptée aux États-Unis qui obligeait tous les avions d'être équipé d'une balise de détresse. Les balises à l'époque opéraient sur la fréquence de détresse aéronautique, 121,500 MHz, ou militaire, 243 MHz. Dans les années 1970, ce type de balises était aussi souvent utilisé sur les navires.
À cause de nombreuses difficultés avec ce mode d'exploitation (comme un delai indéfini pour la réception du signal, une localisation trop imprécise, près de 99 % de fausses alarmes…), les États-Unis, le Canada et la France commencèrent à développer le système SARSAT pour créer une autre solution technique, plus sûre. Parallèlement, le système COSPAS fut développé dans l'URSS.
Entre 1979 et 1988, à la fin de la Guerre froide, les deux systèmes furent combinés pour former le système COSPAS-SARSAT : le premier satellite commun fut lancé en 1982, et le système fut déclaré opérationnel en 1984.
Le 1 janvier 1988, la fusion des deux systèmes fut formellement achevée par la signature de l’'International COSPAS-SARSAT Programme Agreement à Paris.
Aujourd'hui, la partie COSPAS du système est dirigée par la Russie, tandis qu'aux États-Unis, la responsabilité pour la partie SARSAT a été transmise de la NASA à l'Agence américaine d'étude de l'atmosphère et de l'océan (NOAA). Beaucoup d'autres nations ont rejoint le programme COSPAS-SARSAT aujourd'hui (au total 40 pays et 2 organisations en 2010).
Cospas-Sarsat est dirigé par un conseil international, présidé alternativement par un des quatre pays fondateurs : États-Unis, Russie, Canada et France.