Début 1999, une expertise est remise au juge d’instruction de Lorient, qui conclut que Proteus Airlines remplissait les conditions de sérieux pour une compagnie de cette taille. Le 9 août 1999 le BEA publie son rapport. En mars 2000, le juge d’instruction de Lorient met en examen sept cadres dirigeants de la compagnie aérienne, dont le PDG. Le 31 décembre 2001, le procès aboutit à un non-lieu en faveur des accusés, le juge considérant que les pilotes sont seuls responsables de la collision. La responsabilité des pilotes ne fait pas de doute, tant leur manque de concentration est patent, et, d’autre part, ils volent à vue, sans radar, alors que ce type de vol est interdit depuis le 1 avril 1998.