Avant sa démolition en 1904, l'église de l'abbaye de Saint-Girons comportait un chevet à deux étages pour compenser la dénivellation du terrain. Ce chevet, encadré par deux absidioles dont une au nord, était dissimulée par une sacristie. Le bras du transept était voûté d'un berceau. La nef, simplement charpentée, était flanquée au nord d'un collatéral tardif. Elle se tenait au nord par un clocher massif. Le portail occidental était gothique. L'abside romane, probablement circulaire, a été remplacé au cours de la période gothique par un chevet à cinq pans renforcés par l'énormes contreforts. À cette époque, la crypte était voûtée d'ogives. Dès 1840, la crypte est inscrite sur la liste des monuments historiques, mais l'église en est toujours exclue. Durant toute la fin du XIX siècle, les projets de restauration se succédent avec une grande régularité. Ils sont alors accompagnés de descriptions chaleureuses de l'édifices, et d'innombrables suppliques d'autorités politiques ou de sommités archéologiques, tant locales que nationales. Toutes ces démarches restent vaines.
En 1904, la municipalité d'Hagetmau décide de démolir les vestiges de l'abbaye de Saint-Girons en ne gardant que la crypte. L'année suivante, on commence à restaurer cet écrin de pierre pour quatorze chapiteaux sculptés à l'époque romane par des artistes venus de Saint-Sever et d'ailleurs. Quelques siècles après la mort de saint Girons, les pèlerins de Saint-Jacques-de-Compstelle viennent vénérer les reliques au milieu d'images de pierres offertes à Dieu : images de la création avec des plantes stylisées et des animaux fantastiques, comme des lions souriants ou des oiseaux affrontés à la queue de dragons, images de l'histoire sainte avec anges et démons.
