DWP commença à jouer un rôle important pour le CN dans les années 1990, avec la libéralisation des échanges d'abord entre le Canada et les États-Unis (Accord de libre-échange canado-américain, ALE) (ou Canada-US Free Trade Agreement FTA), et ensuite avec le Mexique (Accord de libre-échange nord-américain, ALÉNA) (ou North American Free Trade Agreement NAFTA)). Cela contribua à augmenter les exportations canadiennes vers le sud, et les importations étatsuniennes vers le nord. Le DW&P constituait la voie la plus directe entre le réseau ouest canadien du CN et les grandes compagnies des États-Unis, grâce à une interconnexion à Chicago. Cependant contrairement à son rival le Canadien Pacifique qui utilisait le réseau de sa filiale américaine Soo Line Railroad, le CN était contraint de permuter avec les chemins de fer américains à Duluth, tel que le Great Northern Railway (futur Burlington Northern Railroad, puis Burlington Northern and Santa Fe Railway), ou le Wisconsin Central Limited. Au milieu des années 1990, le CN et le WC conclurent un accord autorisant le WC à acheminer les trains du CN jusqu'à Chicago. Au cours des années 1993-1994, les filiales américaines DWP et GT furent intégrées au CN qui prit le nom de "CN North America" (CNNA). Il s'en suivit un vaste programme de peinture pour effacer les marques DWP et GT. Seule le nom de la holding "Grand Trunk Corporation" restait sur le papier et les documents légaux. En 1995, le nom CNNA fut remplacé par le "Canadian National/Canadien National". Le 28 novembre 1995, le gouvernement fédéral canadien privatisa le CN et ses filiales américaines.
Le 21 octobre 2001, le CN racheta le WC, ce qui lui permit d'encercler la région des Grands Lacs où siègent d'importantes industries. Sur la ligne du CN reliant Winnipeg à Chicago via Fort Frances / International Falls, il ne manquait que les 17 km du Duluth, Missabe and Iron Range Railway (DM&IR) qui assurait la continuité entre le DWP et le WC au niveau de Duluth. Le 10 mai 2004, le CN racheta à Blackstone Group, le Great Lakes Transportation qui possédait entre autre le DM&IR. Le CN grâce au rachat du DWP, du DM&IR et du WC avait enfin le contrôle total de l'axe Winnipeg-Chicago.