Comme son cousin européen Sciurus vulgaris, cette espèce consomme en automne et hiver (et peut-être en été) des champignons, dont des champignons à fructification exclusivement souterraine de type Truffe du cerf. Ce faisant il contribue à en disséminer les spores et joue un rôle utile pour la forêt, car ces champignons sont des mycorhisateurs essentiels pour des essences forestières majeurs. Il contribue donc indirectement à la bonne mycorhisation des arbres mais aussi à la dispersion des truffes et d'autres champignons.
Une étude a porté sur le contenus du tractus digestif de 75 écureuils roux nord-américains et de 138 écureuils volants du nord capturés de novembre à février en forêt boréale (dans le N-W de l'Alberta). On a retrouvé dans son tube digestif de grandes quantités spores de champignons épigés (fructifiant en surface), dont de Bolétales, Russulaceae et Cortinariaceae surtout. Des spores d'ascomycètes hypogés (Elaphomyces et Tuber sp.) et de basidiomycètes (Gautiera, Hymenogaster, Hysterangium et Rhizopogon sp) ont également été trouvées dans son tube digestif, en moindre quantité. Moins souvent on a trouvé des restes de sporocarpes coriaces ou carbonacés venant espèces d'Hyménochaetales, Diatrypaceae, Xylariaceae, et Bankeraceae, ainsi que quelques spores de rouilles (e.g., Phragmidium fusiforme) avec des conidies (e.g., Helicoma sp.) et des ascospores de microfungi ascomycètes (ex: Sordariaceae). Par contre, aucun tissus lichéniques n'a pu être trouvé, alors qu'une hypothèse admise était que ces écureuils pouvaient trouver avec les lichens abondants au sol et sur les arbres un complément alimentaire hivernal. Une analyse parallèle de 110 fumées fécales (excréments) d'écureuil volant du nord, collectées dans la même zones de juin à août, a montré que cet écureuil consomme aussi une importante quantité de champignons en été.