Saison 1
Un mois après son affectation en Antarctique, Weir apprend de Daniel Jackson que la cité d'Atlantis se situe dans les confins de la galaxie de Pégase. Mais un tel voyage s'avèrerait être un aller simple. Elle se propose comme chef d'expédition, et part pour Atlantis. Pendant toute une année, accompagnée de son équipe phare, elle explore la galaxie de Pégase et la cité d'Atlantis. Weir doit à de nombreuses reprises gérer des crises sur la base, tel que l'attaque du genii Kolya sur Atlantis. À la fin de la saison, alors qu'Atlantis est assiégée par les Wraiths, une équipe avec à sa tête le colonel Everett arrive de la Terre avec un extracteur de point zéro. Le colonel Everett relève Weir de ses fonctions et prend le commandement de la base...
Saison 2
Quand Atlantis est sauvée, Weir reprend son poste. Elle a l'occasion de retourner sur Terre, et découvre que Simon, son fiancé, a rencontré quelqu'un d'autre. Elizabeth gère encore plusieurs crises tout au long de cette saison, notamment avec Kavanagh qu'elle suspecte d'être un goa'uld espion sur Atlantis. À la fin de la saison, elle fait confiance aux Wraith pour une alliance mais est trahie... De lourdes pertes s'annoncent...
Saison 3
Alors que la situation a échappé à Weir, le général Landry lui ordonne de se rendre sur Terre immédiatement et de rendre des comptes au Conseil International de Surveillance représenté par Richard Woolsey, le membre le plus respecté de cette commission. Il est chargé d'évaluer Weir en la raccompagnant sur la base. Cette saison marque un tournant décisif pour Weir. Ses sentiments pour Sheppard évoluent. Elizabeth est bientôt contaminée par des nanites réplicateurs qui contrôlent son corps et lui font vivre une autre réalité. Lorsque les Anciens reprirent le contrôle de la cité, l'expédition prend fin, et Elizabeth fait une dépression. cependant, quand elle apprend que la cité est entre les mains des Asurans, menés par Talus et son second, Cetus, son équipe et elle partent sauver la cité, Woolsey et O'Neill. A la fin de la saison, les Asurans frappent Atlantis d'un rayon. Des militaires viennent sur la base et ne tiennent en aucun cas compte de Weir. Se sentant délaissée depuis un an, elle envisage de démissionner. Elle n'en aura malheureusement pas l'occasion... après une tentative vaine d'échapper au rayon laser, ce dernier frappe la tour de contrôle de plein fouet. Le souffle de l'explosion projette violemment Elizabeth à l'autre bout de la salle... Elle tombe dans le coma...
Note : Cette saison est la dernière où Elisabeth Weir apparait en tant que personnage régulier.
Saison 4
Elizabeth est soignée par McKay qui réactive ses nanites. Elle profite de l'opportunité pour aider son équipe à infiltrer la planète des réplicateurs. Quand elle est face à face avec Obéroth, l'humanoïde réplicateur, elle se sacrifie pour permettre à son équipe de s'enfuir... Encerclée, elle ne peut que regarder son équipe s'échapper... Weir est présumée disparue. Le commandement de la cité est repris par Samantha Carter. Cinq mois plus tard, Atlantis entre en contact avec des clones réplicateurs, dont un double d'Elizabeth. Celle-ci explique que l'originale a été tuée par Obéroth quelques temps après sa capture car son humanité "polluait" en quelque sorte les réplicateurs. Deux semaines plus tard, dans le plus grand secret, elle réapparaît au milieu des débris de la planète des réplicateurs, à la tête d'un groupe réplicateur dissident. Son équipe la croit bel et bien morte.
Note : Au cours de cette saison, Elisabeth devient un personnage récurrent et apparait dans 4 épisodes pour des raisons scénaristiques.
Saison 5
Elizabeth infiltre Atlantis sous une forme numérique dans un ordinateur. C'est une forme d'ascension pour les Réplicateurs. Elle rentre en contact avec l'équipe et se matérialise sous la forme de FRAN. Quand plusieurs réplicateurs font leur apparition, le nouveau commandant d'Atlantis, Richard Woolsey, envisage de ne pas faire confiance à Weir sous l'apparence de FRAN, pensant qu'il s'agit d'un réplicateur. Quand les autres commencent à avoir de mauvaises intentions, Elizabeth leur promet que tout ira bien. Woolsey reste sceptique quant aux intentions de la prétendue Weir. Pour prouver sa bonne fois après la trahison d'un de ses confrères réplicants qui a fui la zone de quarantaine, elle décide de s'isoler sur une autre planète avec ses confrères réplicateurs. Elizabeth comprend que Woolsey a fait modifier le DHD, mais elle ne dit rien aux autres Réplicateurs. Weir franchit la porte et se retrouve projetée dans l'espace, ainsi que tous les derniers réplicateurs vivant... Son dernier sacrifice pour sécuriser Atlantis... Rodney en profite pour souligner que ce sacrifice n'aurait été fait que par Weir. Elizabeth Weir est aujourd'hui en sommeil dans l'espace de la galaxie de Pégase où son corps ainsi que ceux des autres réplicateurs humanoïdes errent. Mais il est toujours possible de la réactiver.
Note : Elisabeth Weir apparait dans cet épisode dans le corps de FRAN car l'actrice Torri Higginson a refusé de reprendre son rôle suite à son éviction de la série à la fin de la Saison 3.
