L'île a été aperçue pour la première fois en 1801 mais le nom de celui qui l'a découverte reste cependant inconnu. Une indication de l'île dans l'ouvrage Beiträge zur Hydrographie der größern Ozeane de Johann Krusenstern publié en 1819 rend évident le fait que le nom de « Flint » ne vient pas du capitaine Keen, qui en 1835, selon toute probabilité, avait déjà trouvé une mention de l'île sur une carte de navigation.
Flint fut réclamée en 1856 par l'U.S. Guano Act mais apparemment jamais occupée. Elle fut louée par les Britanniques à Houlder Brothers and Co. de Londres qui transportait le guano obtenu dans la partie centrale de l'île de 1875 à 1880 sous la direction de John T. Arundel. Les zones exploitées se sont aujourd'hui remplies avec de l'eau saumâtre, formant deux ou trois petites lagunes. Des cocotiers ont été plantés sur l'île par Arundel en 1881 et du coprah y a été produit jusqu'en 1891. L'île a été louée en 1911 à S.R. Maxwell et Co., Ltd qui y emploie trente hommes et un gestionnaire pour la récolte du coprah sur environ 30 000 cocotiers.
Le 3 janvier 1908, une éclipse totale du soleil a été observée sur l'île par une expédition de l'observatoire Lick de Californie. Le point d'observation sur l'île fut déterminé aux coordonnées 11°25′27″S 151°48′15″O / -11.42417, -151.80417.