Construction
La cluse de Gex est depuis l'époque romaine un passage naturel stratégique entre le Jura et les Alpes. Dès 58 av. J.-C., César fait bâtir une tour en bois — la "tour de César" — et une enceinte, ce qui n'empêchera pas les Helvètes de la prendre. Au moyen-âge, un village se construit à proximité.
Au XII siècle, le site appartient aux religieux de Saint-Claude qui bâtissent en 1184, une chapelle. En 1225, Amédée de Gex échange le site contre une abbaye, et en 1278, il y fait construire une maison forte, pour assurer le passage et prélever un droit de passage sur les personnes et les marchandises empruntant cette importante route entre le bassin Lémanique et le Bellegarde .
XII au XIX siècle
En 1293, la famille de Gex cède le site au comte Amédée V de Savoie. Enjeu de conflits avec le comte de Jean de Châlon, la maison forte est prise est reprise en 1305, 1311 et 1318. En 1323, elle devient définitivement savoyarde et chef-lieu de châtellenie.
Vers la fin du XV siècle, d'importants travaux de restauration et de consolidation sont entrepris. En 1536, les troupes bernoises s'en accaparent et ne la restituent aux savoyards qu'en 1564 avec le traité de Lausanne. En 1590, les troupes genevoises assiègent le site qui se retrouve en l'état de ruines.
Avec le rattachement de la Bresse, du Bugey et du bailliage de Gex à la France en 1601, par le traité de Lyon, signé entre le roi Henri IV de France et le duc de Savoie, le site devient territoire français. Tout au long des XVII siècle et XVIII siècle, les ingénieurs du Roi vont le doter d'une enceinte et d'une tour ronde (1638), de fossés et d'un renforcement de la muraille (1677), d'embrasures d'artillerie, d'une casemate, d'une passerelle (1690-1700), d'une place d'arme, d'une plate-forme d'artillerie, d'une nouvelle enceinte et d'une route passant à l'intérieur du fort (1721-1723). Cet ensemble constitue l'actuel fort inférieur.
XIX à sa désaffection en 1956
Le fort défendu par une garnison autrichienne est pris par les Français du général Bardet lors d'une bataille livrée le 1 mars 1814.
De 1821 à 1830, des travaux de reconstruction sont entrepris. De 1831 à 1841, un fort supérieur est construit afin de protéger le fort inférieur d'une possible attaque par la montagne, plusieurs casemates d'artillerie et de batteries-terrasses y sont aménagées. De nouveaux bâtiments de logements y sont aussi construits. Pour relier les deux forts un escalier souterrain de 1165 marches est creusé dans la roche.
Avec le rattachement de la Savoie à la France en 1860, Fort l'Écluse perd tout son intérêt stratégique. Durant la guerre de 14-18, le fort est réoccupé par des garnisons, afin de contrôler la route de passage. En 1936, un tunnel routier est construit dans la montagne sous le fort : il permet aux véhicules d'éviter la traversée du fort et de gagner du temps sur le trajet. Entre 1936 et 1939, des ouvrages militaires de type Maginot sont rajoutés pour contrôler à nouveau le passage.
Durant la guerre le fort est occupé par l'armée allemande, puis après la guerre par l'armée française jusqu'à sa désaffection en 1956.
