Gavrinis est parfois interprété comme un nom dérivé du breton gavr, chèvre, et enez, île (prononcé ici inis), qui signifierait l'île de la chêvre. En effet, la construction de mots et de noms en vieux breton recourt souvent à l'inversion du déterminant et du déterminé par rapport à l'ordre du français ou a l'ordre habituel en breton actuel où l'on dirait enez ar c'havr. Il s'agit en fait d'une étymologie populaire induite par la prononciation moderne du nom de l'île qui n'a rien à voir avec la réalité.
L'île est mentionnée dans des documents anciens sous le nom vieux-breton de Guirv Enes en 1184 et Guerg Enes en 1202. Guerg n'a rien à voir avec le nom de la chèvre en vieux breton qui est gabr (d'où le breton moderne gavr). Guerg est un mot apparenté au gallois moyen gwery, actif, et au vieil irlandais ferg, colère (aujourd'hui fearg) ainsi qu'aux mots germaniques de la famille de work, werk. Il est également apparenté au français dialectal verchère, du bas-latin uercaria ou auergaria qui est tiré du celtique *are-uerg-aria, champs travaillé. Ce nom pourrait donc signifier l'île travaillée, cultivée et s'opposer ainsi à gueld enes, "l'île inculte", autre nom d'île qui est mentionné comme le premier dans une vie de Saint Maudez recopiée au XVII siècle d'après un manuscrit datant du XI siècle siècle.
L'étymologie qui a été proposée d'après l'Akkadien qubūru, qui signifie tombe ou trou, pour expliquer le mot gavr n'est pas sérieuse. Elle ne tient pas compte des formes anciennes attestée et omet le fait que les Akkadiens n'ont aucun lien avec la Bretagne de cette époque.
