Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Hemichordata (ou Hémicordés), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre les différents groupes (ou taxa) d'organismes vivants. Du fait de ses méthodes nouvelles basées notamment sur la biologie moléculaire, la phylogénie, science récente à l'origine de la classification phylogénétique du vivant, est en plein essor et propose parfois des résultats en contradiction avec l'ancienne classification uniquement basée sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi certains points particuliers font-ils encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici.
Ce cladogramme mentionne aussi bien les groupes encore représentés dans la nature actuelle que ceux qui sont éteints (il inclut donc les groupes fossiles).
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
Au sein de ce clade, les Ptérobranches sont polyphylétiques et les Entéropneustes paraphylétiques : les Planctosphéridés ont été séparés des premiers, qui sont vraisemblablement le groupe frère des Harrimaniidés au sein des seconds, et comprennent également les Graptolithes.
La place des Hémicordés parmi les Deutérostomiens est discutée : ils sont rangés parmi les Ambulacraires avec les Échinodermes, ou parfois parmi les Pharyngotrèmes avec les Chordés. Leur monophylie a même été mise en doute, au profit d'un rapprochement avec les Lophophoriens, avant que ces derniers ne soient (définitivement ?) considérés comme des Protostomiens.
