Notocorde
Leur nom provient de la notochorde, une lamelle cartilagineuse d'origine mésodermique située du côté dorsal de l'animal, mais ventrale par rapport au tube nerveux. Elle joue un rôle crucial lors de l'embryogenèse et a en outre un rôle de soutien et de protection du tube nerveux chez les chordés primitifs. Chez les vertébrés, qui constituent un sous-embranchement des chordés, la notochorde régresse généralement à l'âge adulte pour être remplacée par la colonne vertébrale.
Système nerveux
Leur système nerveux, en forme de tube, est situé au-dessus du tube digestif, on dit que les chordés sont épineuriens, au contraire des protostomiens (qui sont dits hyponeuriens). Le tube nerveux se met en place par neurulation, c'est-à-dire par invagination d'une zone particulière de l'ectoblaste dorsal.
Tube digestif
Les chordés sont également caractérisés par un pharynx (partie antérieure du tube digestif), percé de fentes branchiales au moins à l'état embryonnaire et a rôle respiratoire quand ces fentes persistent à l'âge adulte : ce sont des Pharyngotrèmes.
Appareil circulatoire
Les organes sont approvisionnés en dioxygène par un système circulatoire clos, où la circulation sanguine est activée par un cœur.