Herbert Simon est né en 1916 dans le Wisconsin. Son père ingénieur dans le domaine de l'électricité avait fait des études à Darmastad en Allemagne avant d'émigrer en 1903 aux États-Unis. Simon fut très jeune introduit à l'idée que le comportement humain pouvait être étudié scientifiquement, par le plus jeune frère de sa mère, Harold Merkel, qui étudiait l'économie à l'Université du Wisconsin à Madison avec John Rogers Commons. Il entra en 1933 à l'Université de Chicago où il étudia les sciences sociales et les mathématiques notamment sous l'égide d'Henry Schultz un économètre spécialiste de l'économie mathématique. Ces études le conduisirent à s'intéresser au domaine de la prise de décision dans les organisations qui devint le sujet de sa thèse en science politique qu'il soutint en 1943 à l'Université de Chicago. A Chicago, il étudié la science politique sous la direction d'Harold Lasswell et de Charles Edward Merriam et comme eux, il a subi l'influence de Graham Wallas, un professeur de la London School of Economics qui dés 1908, avait souligné l'importance de la psychologie et des institutions dans le domaine politique et économique. Parmi ceux qui l'influencèrent, Simon cite également l'économiste Richard T. Ely, Norman Angell, l'auteur du livre The Great Illusion et Progress and Poverty d'Henry George.
De 1939 à 1942, Simon fut directeur d'un groupe de recherche à l'université de Californie (Berkeley), puis il enseigna la science politique à l'Illinois Institute of Technology. De retour à Chicago, il participa à des séminaires de la Cowles Commission donnés par Jacob Marschak et Tjalling Koopmans qui dirigeaient alors des étudiants comme Kenneth Arrow, Lawrence Klein ou Don Patinkin. A cette époque, il étudie également la Théorie Générale de Keynes, les nouvelles techniques économétriques ainsi que les premiers papiers de Paul Samuelson. Sous la direction de Marschak et de Sam Schurr, il a participé à une étude prospective sur les effets économiques de l'énergie atomique. En 1948, il fut membre de l'Economic Cooperation Administration chargée de gérer le Plan Marshall.
A partir de 1949, il intégre la Graduate School of Industrial Administration au Carnegie Institute of Technology de Pittsburgh. Son but et celle de l'équipe d'enseignants de cette école est alors de développer un enseignement de la vie des affaires reposant sur la recherche fondamentale en économie et en science des comportements. Il fut aidé plus tard dans cette tâche par Franco Modigliani et John Muth. Au début des années cinquante avec David Hawkins il découvre le thèorème d'Hawkins-Simon sur les conditions de l'existence d'une solution positive dans les matrices d'entrée-sortie. A partir de 1954, il est convaincu que la meilleure façon d'étudier la résolution des problèmes était d'utiliser les ordinateurs, cela a conduit à ce qu'il a appelé l'intelligence artificielle.
Simon fit également parti, à la fin des années soixante du comité des experts économique du Président. Il servit un an sous l'administration de Lyndon Johnson et trois ans sous celle de Richard Nixon. Il fut aussi membre de l'Académie nationale des Sciences des États-Unis.