C'est l'italien Marcello Malpighi, professeur de médecine à Bologne et à Pise qui est considéré comme le fondateur de l'histologie, au XVII siècle. L'histologie fut d'abord empirique, grâce au perfectionnement de microscopes simples, alors récemment inventés, permettant l'étude de coupes minces.
La notion de tissu biologique est due à Xavier Bichat, en 1799, grâce à son ouvrage Traité des membranes en général et de diverses membranes en particulier. On définit alors un tissu comme un ensemble de cellules ayant des caractère morphologiques analogues. Leur classification est alors simple :
- Les tissus épithéliaux.
- Le tissu musculaire.
- Le tissu nerveux.
- Le tissus conjonctif.
Ces premières études ont conduit à établir une grande quantité d'information sur les structures biologiques, ce qui permis l'élaboration de la théorie cellulaire en 1838, par Matthias Jakob Schleiden et Theodor Schwann. Le terme d'histologie fut utilisé pour la première fois par Mayer et Heusinger en 1819.
Les techniques de biologie cellulaire, de biologie moléculaire, de clonage et de génétique moléculaire ont permis de mieux comprendre le fonctionnement cellulaire et les interaction cellulaires. Ainsi, si la cellule constitue bien l'unité fondamentale de la structure des organismes vivants, elle se révèle être un ensemble incroyablement sophistiqué et complexe. L'histologie moderne considère ainsi la cellule comme une unité fonctionnelle fondamentale.