L'île comporte des traces d'occupation néolithique (menhirs et dolmens) et romaines.
Au Moyen Âge, elle appartient aux Comtes de Léon, qui la cèdent à l'Abbaye de Saint-Mathieu en 1169. Elle fut ensuite vendue en 1569 pour 96 livres à Jean Kerlec'h Sieur du Plessis, et lui rapportait 5 livres par an. En 1736, l'abbaye souhaita récupérer son ancienne propriété, et engagea des procès. À la Révolution, Béniguet devint bien national, et fut racheté par un commerçant du Conquet.
L'île fut occupée par des paysans depuis (au moins) 1815 jusqu'en 1953. Cultivant essentiellement du seigle et du colza, ils pratiquaient aussi l'élevage, s'adjoignant parfois jusqu'à 20 manœuvres. Les galets furent aussi exploités, d'abord par des gabares de Lampaul-Plouarzel, puis durant la guerre, pour la construction de blockhaus.
Dans les années 1960, le projet de faire de l'île un champ de tir pour l'armée fut repoussé grâce à la démission collective du Conseil municipal du Conquet. Propriété de l'ONCFS depuis 1953, elle est classée réserve de chasse et de faune sauvage depuis 1993.
