Les îles sont baptisées « Los Santos » par Christophe Colomb, en l'honneur de la fête de la Toussaint.
Les premiers colons s'installent en 1648. Les îles prennent une importance militaire, en raison de leur position stratégique et le 15 août 1666, la flotte française est victorieuse des Anglais. C'est devenu depuis le jour de commémoration des Saintes.
Le 12 avril 1782, les Anglais prennent possession des îles, au terme d'une bataille navale dans le canal des Saintes, les îles restent anglaises jusqu'en 1816 où elles deviennent définitivement françaises.
Le 7 décembre 2003, les Saintes, intégrées au département de la Guadeloupe, participent au référendum sur l'évolution institutionnelle du DOM-TOM et rejettent celui-ci par un « non » largement majoritaire. Le petit archipel aspire à une évolution statutaire à l'instar des iles de Saint-Martin et Saint-Barthélemy, en collectivité d'outre-mer pour mieux prendre en compte sa configuration géographique et économique.
Le 21 novembre 2004, les iles des Saintes sont frappées par un violent séisme atteignant les 6,3 sur l'échelle de Richter ne causant que de nombreux dégâts matériels. Aucune victime n'est dénombrée. En 2009 l'archipel des Saintes n'est pas concerné par les 44 jours de paralysie socio-économique consécutifs aux revendications et aux blocages menés par le LKP (Lyannaj kont pwofitacyon) en Guadeloupe. En avril, Nicolas Sarkozy ouvre les États Généraux de l'Outre-Mer en Guadeloupe, de nombreux ateliers dont l'atelier gouvernance propose un projet d'évolution statutaire à caractère autonome de l'île et ses dernières dépendances. En parallèle, les Saintes ont eux fait part de leur projet d'évolution statutaire en Collectivité d'outre-mer (COM) à l'article 74 de la constitution distincte de la Guadeloupe. À l'instar des anciennes dépendances du nord de Saint-Barthélemy et Saint-Martin, les Saintois veulent se détacher de cet « archipel administratif » de Guadeloupe composé par l'État. Ces projets sont en attente des consultations populaires par référendums au populations concernées.
