Inquisitor propose de diriger un Inquisiteur ainsi que ses hommes de main dans l'univers sombre du 41 millénaire.
L'Inquisition étant une organisation qui agit souvent dans l'ombre, ses membres ont appris à travailler aux frontières de la légalité, voire en dehors de toute forme de moralité. Les luttes de pouvoir au sein même de l'organisation, les ambitions individuelles poussent certains à se servir de ce qu'ils sont censés combattre pour arriver à leurs fins.
Le jeu met en scène des affrontements entre factions de l'Inquisition. Suivant l'histoire ou les caractéristiques qu'un joueur veut donner à la bande de son Inquisiteur, il est libre de sélectionner ses membres parmi une liste de personnages standards. L'équipement est lui aussi choisi à l'aide d'un système de liste.
Dans la majorité des jeux GW, chaque personnage ou équipement a un coût en points, et pour veiller à l'équilibre de la partie, les deux joueurs doivent aligner des armées ou des bandes de coûts comparables. Ce n'est pas le cas ici : les joueurs devront chercher par eux-mêmes un équilibre, car même si un barème de points existe, il n'est présent qu'à titre indicatif.
D'une manière générale, Inquisitor est un jeu de figurine très orienté Roleplay : une part importante de l'intérêt réside dans la liberté de construire une bande ayant une histoire, des motivations qui lui sont propres. Les règles préconisent même de confier l'arbitrage de la partie (et tout ce qui va avec : scénario...) à un Maître de Jeu, comme dans un Jeu de Rôle.
Les caractéristiques principales sont au nombre de 9 (Capacité de Combat, Capacité de Tir, Force, Endurance, Initiative, Volonté, Sagacité, Sang-Froid et Commandement) et sont basées sur une échelle de 100, même si certains personnages surhumains comme les Space Marines peuvent avoir des caractéristiques dépassant cette limite. Le jeu utilise donc, en plus des dés à 6 faces (D6) caractéristiques des wargames, des dés à 10 faces (D10), plus souvent utilisés par des jeux de rôle, notamment les deux éditions du jeu de rôle Warhammer.
Les mécanismes du jeu sont complexes et très détaillés : une séquence basée sur des points d'action déterminés séparément pour chaque combattant, choix d'armes dans une arsenal qui en compte plus de 100 avec une dizaine de tableaux de modificateurs de portée ou encore gestion de 5 niveaux de blessure sur 6 différents types de localisations avec des effets comme des commotions ou des hémorragies.
Divers articles parus dans les magazines White Dwarf ou Exterminatus (publié par Fanatic Press et désormais intégré dans le e-zine Fanatic Online) complètent les règles de base, permettant au joueurs et aux MJ de gérer des véhicules, d'incarner des Explorateurs de l'Adeptus Mechanicus, de simuler les effets des conditions environnementales.
De nombreux joueurs ont conçus des règles maisons afin de jouer des bandes exclusivement composés d'ennemis de l'Imperium, ce qui permet d'accroitre largement l'éventail de choix des personnages possibles, de de réaliser des campagnes hors de l'opposition entre inquisiteurs. Par exemple certaines de ces règles traitent des cultes du chaos, y compris les mécanismes régissant les démons, sous forme physique (un peu comme dans les jeux de la série Doom) ou sous forme de possédés, en passant par les dons démoniaques. Les cultes genestealer et diverses races extraterrestres ont vu aussi leurs règles rédigées, y compris les Asservisseurs.