L'abbé Courtalon commence sa carrière en qualité de précepteur des pages de la Dauphine Marie-Josèphe de Saxe, un poste ne comportant pas de nomination officielle, mais assorti d'un revenu annuel de 1885 livres. Il est en même temps l'un des quatre clercs de la chapelle et oratoire de la maison du Roi, avec 636 livres de revenus par an. Après la mort de la Dauphine en 1767, il se voit reconduire dans ses fonctions de précepteur, cette fois auprès des pages de Madame tout en conservant son poste de clerc de la chapelle royale, poste qu'il occupera jusque la fin de l'Ancien Régime. Cette charge est la moins élevée dans la hiérarchie ecclésiastique de Versailles, mais on peut y accéder sans pour autant être noble. Elle consiste à servir les petites messes, ou à remplacer les chapelains du Dauphin et des Enfants de France en leur absence. Au nombre de huit, se relayant deux par deux, les clercs perçoivent 180 livres de gages, plus 75 pour les fournitures de la chapelle, et mangent à la table des aumôniers. L'abbé Courtalon appartient donc à la petite cour, c'est-à-dire au personnel de service de Versailles.
Les Comptes de la maison du Roi de 1775 sont les seuls à livrer le prénom de l'abbé, Jean-Baptiste. Le nom de Courtalon apparaît encore plus tardivement, en 1782 dans l'Almanach royal, mais avec une orthographe fautive, en tant que chapelain par quartier, en remplacement de l'abbé Bégon. À cette époque, en effet des erreurs de mise à jour sont fréquentes, surtout pour les charges mineures. La France ecclésiastique de 1783 le signale comme « prieur de Dampierre », ce que confirme un manuscrit de 1789, où l'abbé Courtalon, « prieur de Dampierre, chapelain du roi, précepteur des pages de Madame », donne pouvoir au chanoine Claude Bardel pour le représenter à l'assemblée du clergé du baillage de Chaumont. Il est donc bénéficiaire d'un prieuré commendataire de l'ordre de Cluny.
La reine Marie-Antoinette aimait les souvenirs de son pays natal, auxquels elle avait consacré une salle du Petit Trianon. L’abbé Courtalon avait proposé, à son attention, une machine cartographique de son invention. Une note glissée dans l’exemplaire de son Atlas à la bibliothèque nationale en donne la description : les cartes de l’Atlas étaient glissées dans un cadre sous verre de 92 x 70 cm, doté d’une manivelle qui permettait de les faire défiler. On ne sait pas si la reine accepta de voir la machine de Courtalon, mais elle témoigne à la fois des ambitions courtisanes du petit abbé, et de son intérêt pour les nouvelles méthodes cartographiques.
Quoique Courtalon semble avoir cessé d'écrire après son Atlas, il ne fut pas oublié : le décret du 18 fructidor an III, préparé par le Comité d'instruction publique, octroyant des pensions à des hommes de lettres dans le besoin, attribua 1500 livres à Courtalon, en souvenir de son Atlas. Mal connu, l'abbé Courtalon est parfois confondu avec son homonyme, l'abbé Jean-Charles Courtalon-Delaistre, historien de Troyes. Émile Socard, qui a eu accès aux archives familiales de ce dernier, considère qu'ils sont cousins, sans publier aucune pièce justificative.