Le shiitaké a des affinités avec notre banal mais immangeable « lentin tigré » (Lentinus tigrinus). Pour cette raison, Berk. le baptisa edodes (qui signifie « comestible ») en 1878 sous le basionyme d'Agaricus edodes. Il fut recombiné par Singer en 1941 en Lentinus edodes (Lentin comestible), mais les hyphes qui le composent s'étant trouvées être dimitiques, Pegler l'a déplacé en 1976 dans le genre Lentinula.
Nom scientifique japonais
Les noms scientifiques japonais, dits nihon-gakumei (日本学名, nihon-gakumei) ou wamei (和名, wamei), n'étant pas de construction binominale, seul l'usage des katakana (correspondant à nos italiques), rendu obligatoire depuis 1981, signale qu'il s'agit d'un taxon. Les noms vernaculaires, littéraires et commerciaux étant écrits, soit en kanji, soit en hiragana.
Le rang de genre, quant à lui, est signalé par l'adjonction du caractère 族 (zoku, 族) après le nom spécifique. Il en est de même pour la famille 科 (ka), etc.
shiitake (シイタケ, shiitake) est donc l'espèce type du genre shiitake-zoku (シイタケ属, shiitake-zoku), Lentinula.
La double nomenclature scientifique (internationale et nationale) est en usage dans de nombreux autres pays où la romanisation ou la lecture du latin sont par trop exotiques. Pour les espèces les plus populaires, elle permet en outre de conserver un précieux patrimoine culturel et littéraire, voire poétique, et rend parfois des services scientifiques inattendus pour assurer la pérennité du nommage de certains taxons dont le nom latin change sans cesse, ou au contraire d'offrir un « nom de travail » provisoire au taxinomiste en attendant la publication d'un nouveau binôme. Toutefois, malgré son statut officiel à l'échelon local, le nom scientifique national n'a qu'un usage limité au pays où à la zone linguistique correspondante. Il ne remplace en aucun cas le nom scientifique international ou nom latin (japonais : ラテン名), qui reste la seule nomenclature permettant une communication universelle.
