Lors du Linux Kernel Developers Summit qui a eu lieu en 2001, la NSA a proposé que SELinux soit intégré dans la version 2.5 du noyau. Linus Torvalds rejeta cette requête car beaucoup de projets de sécurité étaient en développement à ce moment. Comme ceux-ci avaient tous leurs particularité et que la communauté n'avait pas encore formé de consensus sur le modèle de sécurité parfait, Linus Torvalds proposa de créer une architecture modulaire.
En réponse, Crispin Cowan proposa LSM, une interface fournissant suffisamment de crochets (« hooks ») dans le noyau Linux pour créer des modules permettant de renforcer le contrôle d'accès obligatoire. Le developpement de LSM a été conduit pendant les deux années suivantes par la communauté, en incluant des contributions important de la part d'Immunix Corporation, la NSA, McAfee, IBM, Silicon Graphics, ainsi que d'autres contributeurs indépendants.
Certains ont présenté l'argumentation suivante : s'il ne doit y avoir qu'un seul modèle de sécurité, alors l'interface via LSM n'est pas nécessaire, il faut supprimer LSM et le remplacer par SELinux. Cependant, d'autres modules LSM existent et sont maintenus indépendamment du développement du noyau Linux : AppArmor, Linux Intrusion Detection System, FireFlier, CIPSO, Multi ADM, etc. De ce fait, l'argumentation en question a deux effets :
- les développeurs de ces autres modules ont déployé plus d'énergie dans leur amélioration ;
- lors du Kernel Summit de 2006, Linus Torvalds a répété que LSM resterait dans le noyau Linux, car il ne souhaitait pas trancher sur le choix du meilleur modèle de sécurité.
Avec la sortie de la version 2.6.29 du noyau Linux, de nouveaux crochets permettant d'utiliser des chemins (« pathname-based ») sont ajoutés dans LSM. Ces crochets pourront notamment être utilisés par des projets comme AppArmor ou TOMOYO.