Cette liste inclut les musées d'histoire naturelle, indépendamment de leur nom. Dans certains pays francophones, ces musées portent le nom de « muséum », cette appellation constituant un pléonasme lorsqu'elle précise qu'il s'agit d'un « muséum d'histoire naturelle » (voir Liste de muséums d'histoire naturelle).
| Nom | Pays, ville | Année de fondation |
|---|---|---|
| Muséum national d'histoire naturelle |  | 1793 |
| Musée d'histoire naturelle de Londres | Royaume uni !Royaume-Uni, Londres | 1881 |
| Australian Museum |  | 1857 |
| Transvaal Museum |  | 1892 |
| Musée d'histoire naturelle de Mons |  | 1839 |
| Musée d'histoire naturelle de Tournai | | 1839 |
| Musée royal de l’Afrique centrale | | 1897 |
| Muséum des sciences naturelles de Belgique | | |
| Museu Nacional - de l'UFRJ |  | |
| Museu de Arqueologia e Etnologia - USP | | |
| Museu de Geociências - USP | | |
| Museu de Zoologia - USP | | |
| Museu de Rochas, Minerais e Minérios - USP | | |
| Museu Geológico Valdemar Lefèvre | | |
| Museu Paraense Emílio Goeldi | | 1866 |
| Musée canadien de la nature |  | 1856 |
| Museo Nacional de Ciencias Naturales |  | 1772 |
| Muséum d'histoire naturelle Peabody |  | 1866 |
| American Museum of Natural History | | 1877 |
| Staten Island Institute of Arts & Sciences | | 1881 |
| Carnegie Museum of Natural History | | |
| Cleveland Museum of Natural History | | |
| Field Museum of Natural History | | 1893 |
| Florida Museum of Natural History | | 1891 |
| Harvard Museum of Natural History | | |
| National Museum of Natural History de la Smithsonian Institution | | 1893 |
| San Diego Natural History Museum | | |
| Santa Barbara Museum of Natural History | | |
| California Academy of Sciences | | |
| Utah Museum of Natural History | | |
| Burke Museum of Natural History & Culture | | |
| Slater Museum of Natural History | | |
| Fernbank Museum of Natural History | | |
| Natural History Museum of Los Angeles County | | 1913 |
| Muséum Bishop | | 1889 |
| Musée d'histoire naturelle de Finlande |  | 1829 |
| Muséum d'histoire naturelle d'Aix-en-Provence | | |
| Muséum d'histoire naturelle d'Angers | | 1885 |
| Muséum des volcans | | |
| Muséum d'histoire naturelle d'Autun | | |
| Muséum d'histoire naturelle d'Avignon | | |
| Muséum d'histoire naturelle d'Auxerre | | |
| Muséum d'histoire naturelle de Besançon | | |
| Muséum d'histoire naturelle de Blois | | |
| Muséum d'histoire naturelle de Bordeaux | | 1811 |
| Muséum d'histoire naturelle de Bourges | | 1927 |
| Musée d'initiation à la nature | | 1823/1974 |
| Muséum d'histoire naturelle de Chartres | | |
| Muséum d'histoire naturelle d'archéologie et d'ethnographie | | 1832 |
| Muséum d'histoire naturelle Henri Lecoq | | 1873 |
| Muséum d'histoire naturelle de Dijon | | |
| Muséum d'histoire naturelle de la Réunion | | 1854 |
| Muséum d'histoire naturelle de Grenoble | | 1773 |
| Muséum d'histoire naturelle du Havre | | 1881 |
| Muséum d'histoire naturelle de La Rochelle | | 1832 |
| Musée vert | | |
| Muséum d'histoire naturelle de Lille | | 1822 |
| Musée d'histoire naturelle - Guimet | | |
| Muséum d'histoire naturelle de Marseille | | 1819 |
| Muséum Cuvier | | |
| Muséum d'histoire naturelle de Nantes | | 1793 |
| Muséum-aquarium de Nancy | | |
| Muséum d'histoire naturelle de Nice | | 1846 |
| Muséum d'histoire naturelle de Nîmes | | 1895 |
| Muséum d'Orléans | | 1823 |
| Muséum d'histoire naturelle de Perpignan | | |
| Muséum d'histoire naturelle de Rouen | | 1828 |
| Musée zoologique de Strasbourg | | 1804 |
| Muséum d'histoire naturelle de Toulon | | |
| Muséum d'histoire naturelle de Toulouse | | 1796 |
| Muséum d'histoire naturelle de Tours | | |
| Museum für Naturkunde der Humboldt-Universität zu Berlin |  | 1889 |
| Naturkundemuseum Leipzig | | |
| Naturhistorisches Museum | | 1754 |
| Naturhistorisches Museum | | |
| Naturhistorische Gesellschaft Nürnberg | | |
| Muséum Senckenberg | | 1914 |
| Magyar Természettudományi Múzeum |  | |
| Government Museum and Art Gallery |  | 1968 |
| Musée national d'Irlande |  | |
| Ulster Museum | Irlande du Nord, Belfast | 1821 |
| Museo di Storia Naturale di Firenze |  | 1775 |
| Museo Civico di Storia Naturale de Milan | | 1838 |
| Museo Civico di Zoologia | | 1792 |
| Museo Zoologico di Napoli | | 1813 |
| Museo civico di storia naturale de Gênes | | 1867 |
| Museo Regionale di Scienze Naturali di Torino | | 1978 |
| Musée national d'histoire naturelle de Luxembourg |  | |
| Musée océanographique de Monaco |  | 1889 |
| Naturhistmuseum |  | 1825 |
| Rijksmuseum van Natuurlijke Historie |  | 1820 |
| Beiaard en Natuurmuseum Asten | | |
| Biesboschmuseum | | |
| Natuurmuseum Dokkum | | |
| Natuurmuseum Enschede | | |
| Natuurmuseum Groningen | | |
| Natuurdiorama Holterberg | | |
| Ecomare | | |
| Natuurmuseum Fryslân | | |
| Natuurmuseum Nijmegen | | |
| Natuurmuseum Brabant | | |
| Natuurhistorisch Museum | | |
| Regionaal Natuurmuseum Westflinge | | |
| Zoölogisch Museum Amsterdam | | |
| Muzeum Ewolucji |  | |
| Naturhistorisches Museum Wien |  | 1891 |
| Prirodnjački muzej |  | 1895 |
| Muséum suédois d'histoire naturelle |  | 1819 |
| Muséum d'histoire naturelle de Genève |  | |
| Naturhistorisches Museum Basel | | |
| Naturhistorisches Museum Bern | | |
| Bündner Naturmuseum | | |
| Musée cantonal de géologie | | |
| Musée cantonal de zoologie | | |
| Muséum d'histoire naturelle de Fribourg | | |
| Muséum d'histoire naturelle de La Chaux-de-Fonds | | |
| Muséum d'histoire naturelle de Neuchâtel | | 1853 |
| Muséum d'histoire naturelle de Sion | | |
| Musée d'histoire naturelle de l'université d'Oxford | Royaume uni !Royaume-Uni, Oxford | 1850 |
| Walter Rothschild Zoological Museum | Royaume uni !Royaume-Uni, Tring | 1892 |
| Musée de Moravie |  | 1817 |
| Musée national de Prague | | 1818 |
| Museo Nacional de historia natural y antropologia |  | 1837 |