Son article « CP Violation in the Renormalizable Theory of Weak Interaction » écrit avec Toshihide Maskawa en 1973 est le troisième article de physique sur les hautes énergies (état 2006). La matrice CKM, qui définit les paramètres de mélange entre les quarks est le résultat de leur travaux. La postulation de la matrice CKM implique l'existence d'une troisième famille de quarks, expérimentalement confirmée quatre ans plus tard par la découverte du quark bottom.
Il est co-lauréat avec Toshihide Maskawa du prix Nobel de physique de 2008 (l'autre moitié a été remise à Yoichiro Nambu) « pour la découverte de l'origine de la brisure de symétrie qui prédit l'existence d'au moins trois familles de quarks dans la nature ».