Le MMU a été utilisé au cours de trois missions de la navette spatiale américaine qui ont toutes eu lieu en 1984. Un premier vol d'essai est réalisé par les astronautes Bruce McCandless II et Robert L. Stewart le 7 février durant la mission STS-41-B. Deux mois plus tard au cours de la mission STS-41-C, les astronautes James van Hoften et George Nelson doivent utiliser le MMU pour capturer le satellite Solar Maximum Mission et le ramener dans la soute cargo de l'orbiteur : selon le scénario prévu un des deux astronautes doit utiliser le MMU pour attraper le satellite puis annuler la vitesse de rotation de celui-ci. Mais le grappin utilisé par l'astronaute pour attraper le satellite ne parvient pas à se verrouiller sur le corps du satellite à cause du mouvement qui anime celui-ci. Une procédure alternative est alors improvisée et manque de peu d'être fatale au satellite : l'astronaute utilise ses mains pour attraper le panneau solaire du satellite et tente d'annuler la vitesse de rotation en utilisant les propulseurs du MMU. Mais la manœuvre aboutit à accroitre la vitesse de rotation du satellite qui se met à osciller et, ne pointant plus ses panneaux solaires vers le Soleil, commence à décharger ses batteries. Les ingénieurs du centre de contrôle en charge du satellite parvinrent à récupérer le satellite en utilisant les propulseurs de celui-ci pour annuler sa vitesse de rotation. Le satellite put alors être capturé par le bras robotique de l'orbiteur. Le MMU fut utilisé pour la dernière fois au cours de la mission STS-51-A en novembre 1984. Les MMU furent utilisés pour récupérer les satellites de télécommunication Westar VI et Palapa B2 tombés en panne en orbite basse et incapables d'atteindre l'orbite géostationnaire. Les astronautes Joseph P. Allen et Dale Gardner capturèrent les deux satellites et les ramenèrent sans encombre dans la soute cargo.
Après l'accident de la navette spatiale Challenger, le MMU est retiré du service car considéré par la NASA comme dangereux pour les astronautes. L'abandon des lancements de satellites commerciaux et militaires par la navette supprimaient de toute façon l'une des principales raisons d'être du MMU. Bien que le recours au MMU ait été envisagé pour la construction de la Station spatiale internationale, la NASA renonça à cette solution qui fut remplacée par l'utilisation de retenues et de poignées placées à l'extérieur de la station. Le MMU ne fut pas non plus utilisé pour les missions de maintenance du télescope spatial Hubble car les gaz éjectés par les tuyères du système de propulsion étaient jugés nocifs pour les mécanismes délicats du télescope. Après le retrait du MMU, la NASA a cédé le troisième exemplaire de vol au National Air and Space Museum en 1998. Les autres MMU sont toujours détenus par la NASA.