Après la guerre, elle partit travailler à Sofia en Bulgarie, puis finalement retourna s'installer dans sa Vienne natale en 1947. Mais conservant ses idées politiques intactes — elle demeura communiste —, elle ne reçut aucune commande publique importante dans cette Autriche d'après-guerre, et cela alors même qu'énormément de bâtiments avaient été détruits à travers le pays et qu'on était en pleine reconstruction (Wiederaufbau). C'est pourquoi, à part quelques maisons particulières, Schütte-Lihotzky travailla comme consultante en Chine, à Cuba et en Allemagne de l'Est. En 1951 elle se sépara de son mari Wilhelm Schütte.
Ses réalisations furent tardivement reconnues par les autorités autrichiennes. Elle reçut le prix de l'architecture de la ville de Vienne en 1980. En 1985, elle publia ses mémoires, Erinnerungen aus dem Widerstand (Souvenir de la Résistance). Puis d'autres récompenses lui furent remises mais, fidèle à ses convictions, elle refusa en 1988 d'être honorée par Kurt Waldheim, alors président de la fédération autrichienne, en raison de son comportement douteux durant la guerre. En 1995, elle fut une des rescapés de la Déportation en Autriche qui traîna en justice Jörg Haider après que celui-ci, lors des débats au parlement autrichien à propos des bombardements sur Rome, qualifia les camps de concentration nazis de « camps de prisonniers ».
Margarete Schütte-Lihotzky est morte à Vienne le 18 janvier 2000 de complications suite à une grippe, cinq jours seulement avant son cent troisième anniversaire. Elle fut inhumée dans une Ehrengrab (tombe d'honneur) dans le Zentralfriedhof du quartier Simmering à Vienne.