Le nom Microraptor est controversé du fait des circonstances inusitées de sa première description. Le tout premier spécimen décrit était en réalité une chimère, composée à partir de plusieurs spécimens chinois et vendue aux États-Unis. Quand la fraude a été révélée par Xu Xing de l'Institut de Paléontologie Vertébrée et de Paléoanthropologie de Pékin, Storrs L. Olson, curateur d'oiseaux au National Museum of Natural History du Smithsonian Institution a publié une description de la queue dans un journal obscur, le baptisant Archæoraptor liaonangensis, dans un effort pour effacer le nom des archives paléornithologiques en l'assignant à la partie la moins susceptible d'appartenir à un oiseau. Cependant, Xu a découvert les restes d'un spécimen duquel la queue a été prise, et en publia une description plus tard la même année, le baptisant Microraptor zhaoianus.
Puisque les deux noms désignaient le même individu et le même spécimen, Microraptor zhaoianus devient un synonyme d'Archæoraptor liaonangensis et ce dernier nom, s'il est valide, a priorité. Donc, selon l'interprétation de la Commission internationale de nomenclature zoologique, le nom valide pour cet animal est probablement Archæoraptor liaonangensis Olson 2000. Cependant, certains doutes persistent quant au fait qu'Olson pourrait avoir vraiment réussi à réunir tous les critères formels pour la création d'un nouveau taxon.
Peu importe en fait le statut légal exact du nom. La plupart des paléontologues sont en effet réticents à utiliser le nom Archæoraptor : primo, parce que ce nom est fortement associé à la fraude et au scandale du National Geographic ; secundo, parce qu'ils considèrent qu'Olson a tout simplement réalisé un sabotage nomenclatural et qu'ils ne veulent surtout pas le soutenir. Aussi, le nom Microraptor zhaoianus Xu et al., 2000 est-il monnaie courante à peu près universellement.
Le nom de Cryptovolans signifie le volatile caché. Le nom scientifique associé au fossile C. pauli lui a été donné en l'honneur du paléontologue Gregory S. Paul.