Le premier département ministériel autrichien chargé de l'éducation apparaît en 1848 dans la partie autrichienne de l'Autriche-Hongrie sous le nom de ministère de l'Enseignement public. Renommé ministère de l'Éducation et de l'Enseignement dès l'année suivante, son activité est suspendue de 1861 à 1867, puis il est fusionné avec divers ministères pour former l'office d'État en 1918, à l'occasion de l'indépendance de l'Autriche.
En 1919, il reste uni au seul ministère fédéral de l'Intérieur et constitue alors le ministère fédéral de l'Intérieur et de l'Enseignement. Il reprend son autonomie en 1923, mais disparaît quinze ans plus tard, suite à l'annexion de l'Autriche par l'Allemagne. Il réapparaît dès le rétablissement du pays, en 1945.
Il est rebaptisé ministère fédéral de l'Enseignement et des Arts en 1970, puis voit ses compétences (et son titre) élargies aux sports en 1985. Il les perd dès 1991 et devient trois ans plus tard le ministère fédéral de l'Enseignement et des Affaires culturelles. Avec l'arrivée au pouvoir en 2000 de la première coalition noire-bleue, il fusionne avec le ministère fédéral de la Science pour former le ministère fédéral de l'Éducation, de la Science et de la Culture. La grande coalition qui se forme en 2007 décide de séparer de nouveau ces deux départements et le ministère de l'Enseignement prend alors son nom actuel.