Le réseau Noctambus ne comprenait pas de lignes de banlieue à banlieue, comme l'actuel Noctilien, mais uniquement des lignes radiales qui convergeaient toutes vers la place du Châtelet à Paris, au nombre de dix-huit.
Chaque ligne était désignée par une lettre de l'alphabet suivie d'un petit logo, une lune jaune accompagnée de deux yeux et d'un bec de hibou. L'ordre des lettres dépend de la date d'apparition des lignes et de leur position autour de Paris (sens des aiguilles d'une montre pour les premières).
La liste des lignes (issues de la restructuration de 1997), à la suppression du réseau en 2005, figure ci-dessous :
| Ligne | Desserte | Équivalent
Noctilien |
|---|
| A | Paris Châtelet ↔ Bezons - Grand Cerf | N24 |
| B | Paris Châtelet ↔ Gare d'Argenteuil RER | N52 |
| C | Paris Châtelet ↔ Epinay-sur-Seine Lacépède | N51 |
| D | Paris Châtelet ↔ Pierrefitte-Stains | N44 |
| E | Paris Châtelet ↔ Aulnay-sous-Bois Garonor | N42 |
| F | Paris Châtelet ↔ Gare de Chelles-Gournay RER | N23 |
| G | Paris Châtelet ↔ Noisy-le-Grand Mont d'Est RER | N34 |
| H | Paris Châtelet ↔ Nogent-Le-Perreux RER | N33 et N35 |
| I | Paris Porte d'Italie ↔ Athis-Mons ↔ Pyramide de Juvisy | N31 |
| J | Paris Châtelet ↔ Massy-Palaiseau RER | N21 |
| K | Paris Châtelet ↔ Clamart - Georges Pompidou | N53 et N61 |
| L | Paris Châtelet ↔ Sous-Préfecture - Église de l'Haÿ-les-Roses | N21 et N62 |
| M | Paris Châtelet ↔ Sucy-Bonneuil RER | N32 |
| P | Paris Châtelet ↔ Garges-Sarcelles RER | N43 |
| R | Paris Châtelet ↔ Chevilly Larue - Marché international de Rungis | N22 |
| S | Paris Porte d'Orléans ↔ Clamart - Georges Pompidou | N62 et N63 |
| T | Nanterre - Boulevard de la Seine ↔ Pont de Neuilly | N53 |
| V | Pantin - Mairie RER ↔ Sevran-Livry RER | N41 |
Concernant les lignes Noctilien : Les lignes traversantes (N11, N12...) et les lignes de grande banlieue (N120, N150) n'ont pas été prises en compte. De plus, certains points d’arrêts des Noctambus ont été supprimés lors de la conversion en Noctilien.