L'usage du nom binomial correct permet de désigner un taxon sans être obligé de décrire tous ses caractères, et à tous les spécialistes d'une même discipline de se comprendre sans ambiguïté. Par exemple, le simple fait de rapporter une souche bactérienne à la famille des Enterobacteriaceae indiquera à tout bactériologiste que cette souche réunit des bactéries à Gram négatif, en majorité non sporulées, aéro-anaérobies, etc.. En bactériologie médicale, il est indispensable que l'ensemble des spécialistes concernés (épidémiologistes, chercheurs, cliniciens, fabricants de vaccins, etc.) utilisent une nomenclature commune pour pouvoir collaborer efficacement.
De plus, chaque langue nationale utilise de nombreux synonymes vernaculaires (non officiels) pour désigner une espèce bactérienne. Si certains noms conservent une valeur historique (« bacille de Koch » pour Mycobacterium tuberculosis, par exemple), d'autres sont source de confusions. Ainsi, le « vibrion septique » évoque le genre Vibrio, alors qu’il appartient aux Clostridium. Enfin, de tels noms n'étant compris que par certains francophones seulement, il est nécessaire de recourir aux noms scientifiques internationaux.