Outre des clauses de solidarité et d'entraide entre les États membres, elle est destinée à assurer la sauvegarde des lieux saints de l'islam. Elle soutient également la cause palestinienne dans le conflit israélo-palestinien.
Les buts de l'Organisation de la conférence islamique, définis par une charte élaborée à Djeddah en mars 1972 sont les suivants :
- Consolider la solidarité islamique entre les États membres;
- Renforcer la coopération entre les États membres dans les domaines économiques, sociaux, culturels, scientifiques ainsi que dans les autres domaines d'importance vitale et procéder à davantage de consultations entre les pays membres au sein des organisations internationales;
- Œuvrer à éliminer la discrimination raciale, et le colonialisme sous toutes ses formes;
- Prendre les mesures nécessaires pour consolider la paix et la sécurité mondiale fondées sur la justice;
- Coordonner l'action pour sauvegarder les lieux saints, soutenir la lutte du peuple palestinien et l'aider à retrouver ses droits et à libérer ses territoires;
- Consolider la lutte de tous les peuples musulmans pour la sauvegarde de leur dignité, leur indépendance et leurs droits nationaux;
- Créer l'atmosphère propre à promouvoir la coopération et la compréhension entre les États membres et les autres pays.
Mais ce n'est pas une organisation strictement religieuse, car ses buts sont politiques, économiques, sociaux et culturels. Elle regroupe en son sein des États laïcs (Syrie, Irak, Tunisie, Turquie), et certains États sont représentés au sein de l'organisation par des chrétiens.
D'autres États comptant des dizaines de millions de musulmans ne sont pas membres de l'OCI ou ne sont que membres observateurs, comme l'Inde, la Russie ou la Chine. Et a contrario, des pays comptant une minorité de musulmans en sont membres, comme le Guyana, l'Ouganda ou le Suriname.
En octobre 2006, l’OCI rédige le « document de La Mecque ». Signé par des dignitaires irakiens chiites et sunnites, le texte lance un appel à la fin des violences interconfessionnelles, à la libération de tous les otages et à la préservation de l’unité de l'Irak.