Quake II a introduit le railgun, arme mortelle dans les mains de bons joueurs sachant viser. Dans ce jeu, elle tire un rayon hélicoïdal bleu clair et de façon assez rapide.
Quake II n'est pas tout à fait la suite de Quake bien que les références y soient le très nombreuses (ceci pour garder une certaine cohérence dans la série, comme l'emploi des Stroggs comme ennemis). Par contre, le lien entre Quake II et Quake IV est clairement établi. Dans le jeu, le joueur va s'enfuir de la planète et... la suite de ses aventures est explicitée dans Quake 4. Cependant Quake III décrit le sort, dans son manuel, du courageux Bitterman, héros de Quake II, et explique que ce dernier fut fait prisonnier des Stroggs peu après ses actions héroïques (on remarque notamment son nom sur la capsule de largage au premier niveau). Ce jeu inaugure le mythe de l'Empire Strogg, race sanguinaire et immonde, qui sera développé plus en détails dans le IVeme opus, qui reste l'une des images de marque les plus marquantes de la série (équivalent des Skaarjs de la série Unreal sortie quelques mois plus tard, en termes d'image de marque).
Deux suites (sous forme d'add-on) ont été publiées, The Reckoning et Ground Zero, mais qui n'ont pas connu un grand succès.
Le code source de Quake II a été distribué le 21 décembre 2001 sous la licence publique générale GNU ; cependant, les autres fichiers de données (images, textures, sons...) sont toujours protégés par copyright.