Ces bivalves, à l'instar des coraux actuellement, se rencontraient dans des eaux chaudes et peu profondes. On peut même affirmer, par la présence de dacycladacées (une algue) souvent associées aux rudistes, que la profondeur ne dépassait pas 5 m. Ce qui indique, d'une part, que les rudistes exigeaient des eaux turbides et bien oxygénées et d'autre part que ceux-ci ont dû faire face à des exondations lors de grandes marées.
Certains rudistes sont solitaires mais la plupart s'édifiaient en colonie formant des bancs que l'on nomme biostromes. L'espèce Hippurites socialis en est l'illustration parfaite.
Ils jouaient un rôle important dans la fixation du carbonate de calcium dissout en formant de véritables récifs et sont donc à l'origine de la formation de roches calcaires (rôle pétrogénétique). Ainsi les géologues parlent-ils de "calcaires à rudistes", par exemple les "calcaires à Diceras de l'Urgonien".
Nutrition
La question de l'alimentation des rudistes n'est pas tranchée à l'heure actuelle. Selon le principe de l'actualisme, une théorie a été proposée suggérant que ces organismes auraient pu, comme les coraux qui les ont supplantés à l'heure actuelle, être symbiotiques d'algues vertes unicellulaires (Dinoflagellés), les zooxanthelles, et ainsi capables d'une activité photosynthétique.
Les récifs actuels constituent des milieux très oligotrophes (pauvres en nutriments), et les coraux y trouvent dans cette activité photosynthétique la majeure partie de leurs apports trophiques. Un des arguments proposé à la théorie de la symbiose entre rudistes et zooxanthelles est l'existence d'associations similaires avec des Lamellibranches actuels, les bénitiers (genre Tridacna), qui peuplent eux aussi ces milieux récifaux.
On ne connaît pas à l'heure actuelle de preuve paléontologique de cette symbiose. Compte tenu de sa fragilité et de la faible probabilité de fossiliser une telle association, l'absence de fossiles ne peut être un argument permettant de réfuter cette théorie. En revanche, des découvertes récentes mettent à jour l'existence d'espèces de rudistes vivant en eau plus profondes. Pour ces quelques espèces au moins, il est peu probable qu'elles aient pu se nourrir au moyen de zooxanthelles
On a également supposé que les rudistes ont pu être, au moins partiellement, des organismes filtreurs, à l'instar de la majorité des Lamellibranches actuels.