Au Moyen Âge, Sanda était connue pour être un refuge de fuyards et de contrebandiers grâce à sa crique abritée et la présence d'eau douce.
Les sagas norvégiennes font mention de l'île et elle fut conquise par un viking du nom de Magnus Barefoot en 1093. Les danois l'on appelée Haaven et les romains Avona Porticosa. Elle fut aussi appelée Aven, Sanderey, An Spain (la cuillère) et Abhuinn (le courant).
Avec la christianisation de l'Écosse, des moines de Whithorn dans le Galloway prennent possession de l'île et y bâtissent une chapelle consacrée à Saint Adomnan et visitée plus tard par Saint Ninian, tous disciples de Saint Colomba.
En 1493, les moines abandonnent Sanda et l'histoire de l'île reste associé à celle du clan des MacDonald et leur lutte contre les anglais.
En 1720, l'île, qui sert de pâturage pour moutons, est utilisée comme lieu de quarantaine pour un bateau de pêche dont l'équipage est suspecté d'avoir le choléra.
En 1850, Alan Stevenson, un ingénieur bâtisseur de phares, en construit un à la pointe méridionale de l'île.
57 personnes vivent sur l'île en 1871 avec la pêche, l'agriculture et l'entretien du phare.
En 1929, les MacDonald vendent Sanda qui devient privée à la famille Russel qui en reste propriétaire pendant 50 ans. En 1969, Jack Bruce la rachète et elle change de mains plusieurs fois : un financier du nom de James Gulliver en 1976, M. Changezie en 1979 et enfin l'actuel propriétaire, M. Gannon, en 1989.
Depuis 1989, l'île n'est habitée que par un seul habitant. Dans le recensement écossais de 2001, Sanda fait partie des quatre îles Britanniques qui ne comportent qu'un seul habitant.
L'île est réputée pour les ruines de la chapelle dédiée à Saint Ninian, pour ses croix celtiques et pour son « puits saint ».
