Le Site du Zéro a été créé en 1999 par Mathieu Nebra(alias M@teo21). Petit projet personnel à l'origine, le site ne traitait que de level design pour le jeu vidéo Half-Life 1 et du langage de création de sites web HTML. Il s'est par la suite diversifié. Dans ses premières versions, il ressemblait surtout à un site personnel inconnu, mais un visiteur ayant offert de refaire le design, le site passa à sa deuxième version.
C'est durant cette version que le Site du Zéro se fît connaître, d'où la nécessité de réécrire le code source du site, celui-ci étant devenu ingérable. La version qui suivit la réécriture du code fut la troisième version du site.
Depuis la deuxième version — les critères d'acceptation des tutoriels ayant été revus à la hausse après le passage à la version 3 —, il est devenu possible, pour les membres, de proposer des tutoriels afin de compléter la base de connaissances du site. Depuis août 2008, le site permet aux membres de publier leurs tutoriels sous licence Creative Commons, permettant ainsi leur libre diffusion, les autres restant sous copyright.
Le Site du Zéro est, depuis janvier 2007, sous la gouverne de l'entreprise Simple IT, fondée par Mathieu Nebra et Pierre Dubuc. Le 9 janvier 2007, alors que le Site du Zéro existe depuis 7 ans, Mathieu Nebra, poste un message sur le forum de discussion parlant de l'avenir du site. En effet, depuis sa création, la popularité du site ne cessait de croître. Ses études allant bientôt finir et le site devenant tellement important qu'il risque de ne plus pouvoir le gérer, il a alors l'idée de faire de la gestion du site son travail en créant une entreprise, qui pourrait s'étendre plus tard dans d'autres domaines. Le 17 janvier 2007, la SARL Simple IT est officiellement créée. Mathieu Nebra et Pierre Dubuc administrent également Newbies Paradise (la version anglaise de Site du Zéro), qui est fermé jusqu'à nouvel ordre. Depuis la création de l'entreprise Simple IT, plusieurs stagiaires et les deux fondateurs ont amélioré et intégré de nouveaux scripts. On peut penser notamment à la version 3.5 du module de tutoriels, la mise en place du système de concours, ou encore l'amélioration du système de news.
