Les débuts
Le premier parc ouvrit en 1968 sous le nom Marine World, c'est à l'époque un aquarium situé à Redwood City. Au milieu des années 70, il est fusionné avec le parc animalier appelé Africa, USA (différent de celui existant en Floride de 1953 à 1931) et devient donc Marine World Africa USA.
En 1985, l'augmentation de la valeur du terrain qu'occupait le parc poussa les gérants à trouver une autre propriété. La construction commença alors dans la ville de Vallejo, en Californie. Le nouveau Marine World ouvrit au public en 1986. Le personnage de Garfield fut utilisé pour ce parc.
A partir de 1996, c'est la ville de Vallejo qui est devenue propriétaire des lieux.
Le parc d'attractions
Rapidement Premier Parks loua à la ville le parc pour s'occuper de sa gestion et le faire évoluer. Ils ajoutèrent quelques attractions mécaniques comme en 1997, avec l'arrivée de deux attractions majeures (Popeye's Seaport et DinoSphere).
Au fil des années, les attractions furent ajoutées. En 1998, le parc accueille deux montagnes russes (Kong et Boomerang). Le parc change alors encore un fois de nom et devient The New Marine World Theme Park.
Six Flags
Tout en continuant à ajouter régulièrement de nouvelles attractions au parcs, Premier Parks décide de renommer le parc en 1999. Le parc devient alors Six Flags Marine World. Ce changement est important car il marque l'arrivée des personnages de Looney Tunes dans la thématisation des attractions.
La construction des attractions de plus en plus importantes va continuer, on voit ainsi arriver en 2000 Medusa, en 2001 V2: Vertical Velocity, en 2003 Zonga (un montagnes russes en métal venu du parc Six Flags Astroworld.
Le 17 janvier 2007, Six Flags annonce le nouveau nom du parc. Il devient Six Flags Discovery Kingdom. Ce nouveau nom permet de refléter les trois aspects du parc (parc animalier, aquarium et parc d'attractions). Le parc est alors séparé en différentes zones (Terre, Mer et Ciel)
